【摘 要】
:
核苷酸结合蛋白在多种生物学过程中发挥重要作用。尽管ATP结合蛋白和GTP结合蛋白已经得到了较好的研究,但在整个蛋白质组水平上对UTP结合蛋白进行系统的研究仍存在很大的挑战。本文中,我们发展了UTP探针,并结合基于细胞培养条件下稳定同位素标记技术(Stable isotope labeling by amino acids in cell culture,SILAC)的定量蛋白质组学策略对HEK 2
论文部分内容阅读
核苷酸结合蛋白在多种生物学过程中发挥重要作用。尽管ATP结合蛋白和GTP结合蛋白已经得到了较好的研究,但在整个蛋白质组水平上对UTP结合蛋白进行系统的研究仍存在很大的挑战。本文中,我们发展了UTP探针,并结合基于细胞培养条件下稳定同位素标记技术(Stable isotope labeling by amino acids in cell culture,SILAC)的定量蛋白质组学策略对HEK 293T细胞中的UTP结合蛋白进行了鉴定和定量评估。本文主要的研究内容概括如下:(1)UTP探针的合成、表征及反应性检测。首先,将生物素化氨基酸前体与UTP进行偶联以合成UTP探针,然后用高效液相色谱对产物进行分离。进行表征后,将UTP探针与赖氨酸一起孵育以检测其反应性。结果表明UTP探针可以共价标记UTP结合蛋白,说明其与赖氨酸具有高反应性。(2)用基于低/高浓度UTP探针的竞争策略结合基于SILAC的定量蛋白质组学策略鉴定潜在UTP结合蛋白。利用特异性蛋白与探针的结合不依赖于浓度变化的特征,从HEK 293T细胞裂解物中总共鉴定出172种蛋白质,并得到了部分生物素标记肽的信息。以RUTP 10/1<2为标准来筛选潜在的UTP靶标,最终将其中的166个蛋白确定为潜在UTP结合蛋白,并且发现里面包括一些已知的UTP结合蛋白,例如热休克蛋白HSP90。这些结果表明我们的方法在鉴定UTP结合蛋白方面具有良好的能力。(3)用基于UTP/UTP探针的竞争策略结合基于SILAC的定量蛋白质组学策略进一步对靶蛋白的特异性进行评估。使用母体化合物UTP作为竞争物与UTP探针进行竞争性标记,然后通过质谱鉴定结果对探针的标记效率进行分析。最终总共对303种蛋白进行了定量。按照RUTP/UTP probe<1的标准,筛选出了160种符合要求的蛋白数据。综合分析两次竞争实验的数据,有71种蛋白质同时满足以上两个条件,它们被认为是最有可能的UTP结合蛋白。生物信息学分析表明这些UTP结合蛋白候选者涉及多个生物学过程。综上所述,我们使用特定的生物素化UTP探针结合基于SILAC的定量蛋白质组学工作流程进行了两种类型的竞争实验,鉴定出70多种潜在的UTP结合蛋白。它们参与多种生物学过程,包括翻译延伸、核苷酸结合和蛋白质折叠。对这些UTP结合蛋白的进一步表征将提高我们对UTP在人类细胞中的生物学功能的理解。
其他文献
高考是一座独木桥,每年六月无数学子挤到桥前,若是成功渡过就能抵达理想大学,若是失败就可能重回校园复读。不得不承认,自1977年高考制度恢复至今,复读人数逐年增多。公众在热议“复读现象”时,甚少人关心复读生的复读体验、心理感受和内心想法。本文聚焦于“复读生的学校生活体验是怎样的?”这一研究主题,运用访谈法和文本分析法开展调查研究,在遴选了12位X中学复读生的前期研究基础上,精选了2位复读生作为研究对
本文以中国传统节日文化认知为研究目的,调查了 110位来华阿拉伯留学生,这些留学生包括新冠疫情期间未离开中国,仍在中国大学学习的阿拉伯留学生、目前人在国外仍在中国大学就读的阿拉伯留学生和曾经在中国学习过的阿拉伯汉语学习者。本文分析了阿拉伯汉语学习者对中国传统节日文化的基本认知情况,并在此基础上,尝试探索阿拉伯汉语学习者对中国传统节日的总体认知情况以及认知途径和影响因素;本文通过访谈,进一步佐证了阿
胞苷三磷酸(CTP)是核酸生物合成和蛋白质糖基化所必需的核苷酸。此外,它在膜磷脂合成和细胞信号传递过程中也发挥着至关重要的作用。研究表明CTP在许多生物学过程中都可以作为配体来调节其靶蛋白的活性。但是,在蛋白质组水平上鉴定CTP结合蛋白仍然具有挑战性。本研究开发了CTP酰基亲和探针,并结合细胞培养条件下稳定同位素标记技术(Stable isotope labeling by amino acids
目前计算思维在全球各个国家和地区都受到了重视,其对于国家人才培养和个人发展有十分重要的意义,此外计算思维作为一种新的时代思维形式,在提升学生的学习效果方面也有显著作用。将计算思维嵌入具体学科课程中可以促进学生计算思维和学科知识两个方面的发展,生物学课程内容与人类自身、生活环境以及众多社会热点问题密切相关,为计算思维的提升提供了大量真实情境素材,关键是计算思维这一逻辑严谨的思维形式可以提升生物学课堂
企业社会责任备受市场关注,目前学界和业界均已达成共识,即企业开展经济活动需要对股东、员工、供应商、消费者等主体负责。积极履行企业社会责任可以树立良好的市场形象,降低企业的风险,因此逐渐成为企业风险管理的重要方式。企业履行社会责任需要投入资金,如果企业存在严重的融资约束,将会谨慎开展这一活动。因此,如何缓解企业融资约束,让企业有足够资本践行社会责任是亟须解决的现实问题。既有文献表明连锁股东具有丰富的
我国面临着严峻的水资源短缺和水污染问题,使用科学合理的方法对水环境进行有效的监管与治理已成为解决水环境问题的当务之急。水质预测是水环境治理的一项基础工作,建立高效准确的水质预测模型不仅能够直观地反映水体的污染程度,还能够直观地展示各水质项的未来变化趋势,据此还可以及时地调整水污染防治的相关措施,为水环境治理工作提供坚实可靠的保障。本文以浙江省生态环境监测中心“浙江省地表水水质预测预警系统(ZJCT