在本研究中，根据入药部位和药用植物光合特性等方面的不同，选择了薏苡、红花、薄荷、地黄和天南星作为试验材料，其中包括正常叶片与异常叶片，具花植株叶片与去花植株叶片，以及天南星佛焰苞花序的苞叶。从光合特性和产物代谢两大方面，对它们进行全生育期光合色素含量、净光合速率、蒸腾速率和在不同生态条件下全天光合特性变化的测定，并同步测定了全生育期的可溶性糖含量、硝酸还原酶活性、游离氨基酸以及可溶性蛋白质的含量。研究结果表明：以籽实作为收获部位的薏苡，全生育期光合色素含量、净光合速率和水分利用效率在5种药用植物中最高，晴天净光合速率变化为单峰曲线，没有光合“午休”现象；红花的管状花为主要入药部位，籽实亦可入药，生育期是5种药用植物中最短的，其光合色素含量、净光合速率变化和水分利用效率全生育期变化均为单峰曲线，全天净光合速率变化具有光合“午休”现象；薄荷以地上的茎叶作为入药部位，并且有无限生长的习性，即在开花结果的同时继续营养体的快速生长，虽然是喜光植物，但光合日变化呈现双峰曲线，具有光合“午休”现象；地黄和天南星分别以根茎和块茎作为入药部位，在本研究中对二者做了保留花序和摘除花序的处理，但是地黄喜阳而天南星喜阴，因此地黄全生育期的净光合速率高于天南星；二者由于有根茎块茎存在呈现双峰曲线的变化规律，与前三种以种子作为繁殖材料的药用植物存在很大差异。本研究同时对天南星的苞叶进行全生育期光合生理指标的测定，发现其中含有一定量的光合色素，能够进行较低的光合作用，同时其水分利用效率也很低；在地黄全生育期中，由于感病等原因出现一些异常叶片，通过测定结果可以看出异常叶片的各方面生理活性均低于正常叶片。在物质代谢方面，各种药用植物在不同生育时期、不同物种或者不同处理之间均显现出很大的差异，同时也呈现出一定的规律性：即作为重要的光合产物，碳水化合物(C)与含氮化合物(N)的比值(C／N)随着生育期而发生明显变化；生育前期，C／N比较低，呈扩大型代谢，表明营养物质用于根、茎、叶营养器官的生长；生育后期，C／N比较高，呈贮藏型代谢，表明营养物质用于果实、种子(薏苡、红花、薄荷)或越冬贮藏器官——根茎、块茎(如地黄、天南星)。