【摘 要】
:
研究背景与目的:肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是全球高发的恶性肿瘤之一,其起病隐匿,恶性程度高,诊断时往往已是中晚期,治疗效果不佳,预后差。中国是肝癌高发国家,每年新发人数约41万例,接近全球肝癌新发总人数的一半。近年来,癌症与免疫的相关研究逐渐成为癌症领域的研究热点,探索肝癌免疫表型有助于深入了解免疫微环境在肝癌中的作用,制定更精确的个体免疫治疗方案和寻找适合的
论文部分内容阅读
研究背景与目的:肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是全球高发的恶性肿瘤之一,其起病隐匿,恶性程度高,诊断时往往已是中晚期,治疗效果不佳,预后差。中国是肝癌高发国家,每年新发人数约41万例,接近全球肝癌新发总人数的一半。近年来,癌症与免疫的相关研究逐渐成为癌症领域的研究热点,探索肝癌免疫表型有助于深入了解免疫微环境在肝癌中的作用,制定更精确的个体免疫治疗方案和寻找适合的肝癌预后分子标志物。测序技术的发展与普及使我们对人类基因层面探索免疫功能提供了现实基础,现如今我们可以从公共数据库下载大量免费的肝癌测序数据,这使得我们可以在更大样本基础上挖掘肝癌免疫相关基因的特征。因此,本研究拟利用公共数据库分析筛选肝癌预后相关的免疫相关差异基因并构建新型预后模型,并对该预后模型相关基因进行生物学功能预测以为后续基础研究提供指导。研究方法:我们下载了癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中374个肝癌组织和50个正常组织的RNA测序数据及与之匹配的临床信息。使用R软件中的Limma软件包计算并筛选出两组间差异表达的基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),并通过进一步与IMMPORT数据库注解的免疫相关基因(ImmuneRelated Genes,IRGs)交叉匹配,确定了差异表达的IRGs。通过单因素COX分析,LASSO回归模型和多因素Cox回归分析构建肝癌预后模型;采用国家肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库数据验证预后模型的效能,并结合TIMER在线数据库分析并可视化了6种肿瘤浸润免疫细胞的数量与预后模型的关系。为进一步解释目标基因的生物学功能,我们进行了基因本体论(GO,gene ontology)富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)途径分析以及在线数据库Cistrome Cancer获取转录调节因子TF表达分析;此外,我们还根据人类蛋白质图集数据库(Human Protein Atlas,HPA),比较肝癌组织及正常组织预后模型中的IRGs在蛋白水平的表达情况。最后,我们收集在浙江大学医学院附属第一医院因肝癌住院的患者与健康对照组外周血各8例,利用PCR技术分析两组间外周单个核细胞预后模型中的免疫基因表达水平。研究结果:1.基于TCGA数据库中肝癌肝组织及正常肝组织的RNA表达谱数据,获取了7667个DEGs,与从Imm Port数据库获取的2483 IRGs匹配,确定了329个差异表达的IRGs。2.对329个免疫相关差异基因进行COX回归分析和LASSO分析,构建了由8个基因(HSPA4、PSMD14、RBP2、MAPT、TRAF3、NDRG1、NRAS、IL17D)组成的预后模型,KM生存曲线提示肝癌患者高风险组的死亡率相对于低风险组明显增高(P<0.001),ROC曲线分析发现该预后模型预测TCGA数据库和ICGC数据库中肝癌患者10年生存率的AUC分别是0.813,0.723。进一步分析发现该预后模型与肝癌组织等级,ACJJ分期和TNM中的T分期具有显着相关(P<0.001)。3.预后模型与CD8 T细胞,树突状细胞,巨噬细胞和嗜中性粒细胞的数量显著正相关(P<0.001),而与CD4 T细胞(P=0.128)和B细胞(P=0.141)则无显著相关。4.GO分析发现其功能主要参与髓样白细胞活化和防御反应调控,Kegg分析发现其主要参与维生素消化与吸收,甲状腺癌,膀胱癌,IL-17信号通路等生物学过程。TF预测发现了117个差异表达的TFs,并基于这117个TFs和生存相关的IRGs构建了调控网络。HPA数据提示HSPA4、PSMD14、RBP2、MAPT、TRAF3、NDRG1、NRAS在肝癌组织中均为高表达。5.人体外周血单个核细胞验证发肝癌血清中IL-17D,PSMD14存在表达升高。研究结论:我们利用生物信息学方法为肝癌患者构建了一个有价值的免疫相关基因的预后模型,为肝癌的监测、治疗提供了新的潜在生物标志物。但是,对于这部分基因本研究尚缺乏系统的生物学实验,未来可在本生物信息研究基础上开展进一步的基础研究。
其他文献
研究背景:结直肠癌(Colorectal Cancer,CRC)是世界范围内最常见的癌症之一,其发病率在所有癌症中位居第三。尽管导致CRC发病的确切原因尚不清楚,但目前研究认为遗传因素、生活方式、饮食习惯和炎症反应等因素均与之相关。近年来,由于人们的饮食习惯和饮食结构的变化,结直肠癌的发病率持续上升,且结直肠癌患者的年龄不断趋于年轻。尽管由于检测技术的广泛应用和手术、放化疗等治疗方法的不断进步,结
自助行李托运系统中,航空行李自动贴标设备在提高工作效率、减少误操作方面具有一定优势与潜力,因此贴标机的引入是一种必然趋势。而张力控制作为行李贴标过程中重要的一个环节,良好的张力控制能够确保贴标质量。其中张力控制系统结构复杂,影响因素众多,使得维持张力恒定较为困难。为使贴标张力能够趋于稳定,对放卷、收卷张力控制问题进行相关研究,并通过仿真验证系统的控制效果,本文主要从以下三个方面开展了相关研究:1.
研究背景美国疾病控制和预防中心(CDC)目前将耐碳青霉烯类肠杆菌(Carbapenemresistant Enterobacteriaceae,CRE)列为最高水平的耐药威胁。由于有限的抗生素选择,CRE血流感染(Bloodstream infection,BSI)的死亡率超过50%。恶性血液病患者由于化疗后骨髓抑制、黏膜损伤、免疫抑制剂使用等因素,机体免疫力低下,极易合并感染。耐碳青霉烯类肺炎克
航空发动机在服役过程中,涡轮部件会吸入空气中的悬浮颗粒物,颗粒物在高温高压燃气的冲蚀作用下会在涡轮叶片表面烧结硬脆性的垢质。积垢会增加涡轮叶片的表面粗糙度,进而影响涡轮的空气动力学性能和热力学稳定性,严重时会危及飞行安全。打磨除垢可以去除涡轮叶片表面沉积和烧结的硬脆性垢质,恢复发动机的气动性能。在涡轮叶片打磨除垢过程中,磨头表面的每一颗磨粒都与积垢叶片相互作用以完成垢质的微观打磨去除,因此研究单颗
背景和研究目的慢性乙型病毒性肝炎是我国重大的公共卫生问题之一,如今仍无根治性治疗药物。本研究目的在于观察分析慢性乙型肝炎经治患者核苷(酸)类药物联合重组细胞因子基因衍生蛋白注射液(乐复能)治疗的安全性和临床疗效。研究对象与方法回顾性分析2019年9月至2020年12月在浙江大学医学院附属第一医院及杭州市第一人民医院接受核苷(酸)类药物治疗一年后,联合乐复能或继续单药治疗的慢性乙型肝炎患者。观察联合
机器人是世界上高新技术的代名词之一,不同类型机器人的发展与特定机器人各项功能的逐渐完善,使其在不同的程度上极大的影响着人们的生产与生活的方式。机器人技术的不断发展,也使得仿人机器人受到很多研究者的广泛的关注。仿人双足机器人是集设计制造、程序控制、软件设计、人体生物学等前沿学科理论于一体的高新技术产品。仿人双足机器人由于体积小、适应环境能力强、对环境适应性强、消耗能量小、有较大的移动范围等特点,持续
多孔铁磁形状记忆合金(Porous Ferromagnetic Shape Memory Alloys,简称Porous FSMA)是具备磁致大应变、高能量输出、响应频率快以及多孔性能等多优点集合的新型智能驱动和传感材料。本文主要研究多孔FSMA在外场(磁场、应力和温度)作用下的马氏体变体再取向的力-磁耦合和热-力-磁耦合本构关系,并利用Matlab对其力学性能进行数值模拟,具体研究内容如下:首先
目的:近年来,多种戊糖片球菌的探究实验证实该菌种具有促进健康的益处,可进一步作为食品添加剂、动植物储藏剂、益生菌制剂等。而戊糖片球菌LI05正是实验团队先前一系列研究中已被证明的具有益生菌潜质的一种乳酸菌。我们的研究旨在确定戊糖片球菌LI05对无菌(Germ-free,GF)大鼠在免疫功能和代谢作用等方面的影响,探究其生理功能来为将来成为新型的益生菌制剂做前期研究。方法:将16只无菌大鼠随机分成2
背景和目的近年来,自身免疫性肝炎(Autoimmune hepatitis,AIH)的发病率逐渐升高,成为慢性肝炎中的重要组成部分。AIH起病隐匿,大约有1/3的患者在初治时已经发展为肝硬化。现有的非侵入性模型不能有效诊断AIH肝硬化的发生。越来越多的研究证明炎症相关指标在AIH肝硬化中起着重要作用。本研究旨在分析AIH的临床特征和炎症相关指标与AIH肝硬化中的相关性,建立列线图模型,为临床提供A
目的:分析基因1型慢性丙型病毒性肝炎患者经聚乙二醇干扰素α-2a联合利巴韦林方案及索磷布韦联合达拉他韦方案治疗后随访疗效以及影响丙肝相关性肝纤维化的相关因素。方法:回顾性分析自2009年01月至2018年06月就诊于浙江大学医学院附属湖州医院感染科确诊并进行规范抗病毒治疗且随访2年及以上的102例基因1型输血后慢性丙型病毒性肝炎患者的临床资料。慢性丙型病毒性肝炎及随访期间肝硬化诊断标准均按照《丙型