基于生物信息学的肝癌免疫基因预后模型的建立

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研究背景与目的:肝癌(Hepatocellular carcinoma,HCC)是全球高发的恶性肿瘤之一,其起病隐匿,恶性程度高,诊断时往往已是中晚期,治疗效果不佳,预后差。中国是肝癌高发国家,每年新发人数约41万例,接近全球肝癌新发总人数的一半。近年来,癌症与免疫的相关研究逐渐成为癌症领域的研究热点,探索肝癌免疫表型有助于深入了解免疫微环境在肝癌中的作用,制定更精确的个体免疫治疗方案和寻找适合的肝癌预后分子标志物。测序技术的发展与普及使我们对人类基因层面探索免疫功能提供了现实基础,现如今我们可以从公共数据库下载大量免费的肝癌测序数据,这使得我们可以在更大样本基础上挖掘肝癌免疫相关基因的特征。因此,本研究拟利用公共数据库分析筛选肝癌预后相关的免疫相关差异基因并构建新型预后模型,并对该预后模型相关基因进行生物学功能预测以为后续基础研究提供指导。研究方法:我们下载了癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中374个肝癌组织和50个正常组织的RNA测序数据及与之匹配的临床信息。使用R软件中的Limma软件包计算并筛选出两组间差异表达的基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),并通过进一步与IMMPORT数据库注解的免疫相关基因(ImmuneRelated Genes,IRGs)交叉匹配,确定了差异表达的IRGs。通过单因素COX分析,LASSO回归模型和多因素Cox回归分析构建肝癌预后模型;采用国家肿瘤基因组协作组(International Cancer Genome Consortium,ICGC)数据库数据验证预后模型的效能,并结合TIMER在线数据库分析并可视化了6种肿瘤浸润免疫细胞的数量与预后模型的关系。为进一步解释目标基因的生物学功能,我们进行了基因本体论(GO,gene ontology)富集分析及京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)途径分析以及在线数据库Cistrome Cancer获取转录调节因子TF表达分析;此外,我们还根据人类蛋白质图集数据库(Human Protein Atlas,HPA),比较肝癌组织及正常组织预后模型中的IRGs在蛋白水平的表达情况。最后,我们收集在浙江大学医学院附属第一医院因肝癌住院的患者与健康对照组外周血各8例,利用PCR技术分析两组间外周单个核细胞预后模型中的免疫基因表达水平。研究结果:1.基于TCGA数据库中肝癌肝组织及正常肝组织的RNA表达谱数据,获取了7667个DEGs,与从Imm Port数据库获取的2483 IRGs匹配,确定了329个差异表达的IRGs。2.对329个免疫相关差异基因进行COX回归分析和LASSO分析,构建了由8个基因(HSPA4、PSMD14、RBP2、MAPT、TRAF3、NDRG1、NRAS、IL17D)组成的预后模型,KM生存曲线提示肝癌患者高风险组的死亡率相对于低风险组明显增高(P<0.001),ROC曲线分析发现该预后模型预测TCGA数据库和ICGC数据库中肝癌患者10年生存率的AUC分别是0.813,0.723。进一步分析发现该预后模型与肝癌组织等级,ACJJ分期和TNM中的T分期具有显着相关(P<0.001)。3.预后模型与CD8 T细胞,树突状细胞,巨噬细胞和嗜中性粒细胞的数量显著正相关(P<0.001),而与CD4 T细胞(P=0.128)和B细胞(P=0.141)则无显著相关。4.GO分析发现其功能主要参与髓样白细胞活化和防御反应调控,Kegg分析发现其主要参与维生素消化与吸收,甲状腺癌,膀胱癌,IL-17信号通路等生物学过程。TF预测发现了117个差异表达的TFs,并基于这117个TFs和生存相关的IRGs构建了调控网络。HPA数据提示HSPA4、PSMD14、RBP2、MAPT、TRAF3、NDRG1、NRAS在肝癌组织中均为高表达。5.人体外周血单个核细胞验证发肝癌血清中IL-17D,PSMD14存在表达升高。研究结论:我们利用生物信息学方法为肝癌患者构建了一个有价值的免疫相关基因的预后模型,为肝癌的监测、治疗提供了新的潜在生物标志物。但是,对于这部分基因本研究尚缺乏系统的生物学实验,未来可在本生物信息研究基础上开展进一步的基础研究。
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