金融机构的效率一直是经济学家研究的对象，金融机构的效率不仅体现了自身的经营绩效，也体现了其竞争能力，除此之外，提高金融机构效率对经济的发展有促进作用。目前对金融机构效率的研究主要集中于对商业银行效率的研究，对农村合作金融机构的研究相对较少。“三农”问题是我国目前经济发展道路上需要解决的首要问题，农村金融合作机构作为支持“三农”的主要金融机构，对农村经济的发展有着推动作用。江苏省农村合作金融机构发展较快，为全省的农业和农村的发展做出了重大贡献，但是江苏省地区经济发展呈现不平衡状态，苏南地区的经济发展明显快于苏中和苏北地区，其农村合作金融机构的发展也出现了差异，因此对江苏省各地区农村合作金融机构的运营效率的研究具有重要意义。　　 本文总结了国内外对效率研究的成果，选取数据包络法中的CCR模型和BBC模型作为研究方法，江苏省苏南苏州市，苏中泰州市和苏北盐城市的15家农村合作金融机构作为研究样本，选取职工人数，固定资产和营业支出作为投入指标，贷款总额和净利润作为产出指标，对着15家农村合作金融机构2007年至2010年的运营效率进行测算，并对结果进行横向和纵向的比较分析，然后对农村合作金融机构的投入冗余和产出的不足的情况进行深度分析。结果发现农村合作金融机构的经营效率呈逐年上升的趋势，苏南苏州市的农村合作金融机构的效率要优于苏中泰州市和苏北盐城市的农村合作金融机构效率。　　 在测算了15家农村合作金融机构的效率之后，运用计量模型分析影响效率的因素，因变量为用DEA测算的综合效率，自变量主要选取的有人均生产总值，农业贷款占比，城市化率，资产规模，存贷比，不良贷款率和营业网点数，结果认为第一产业占比，城市化率和资产规模对农村合作金融机构效率没有显著影响，不良贷款率和农村合作金融机构效率有负相关关系，人均生产总值，存贷比和营业网点数和农村合作金融机构效率有正相关关系。最后根据影响因素分析结果，提出相关的政策建议，包括改善农村合作金融机构的业务种类，实现多元化发展;扩大经营规模，增加营业网点;简化业务流程，建设信贷队伍，增加存贷比;降低不良贷款率，建立资产质量检测机制。