为了解我国华南沿海黄鳍棘鲷在经历过度捕捞,增殖放流,环境变化后的种质资源和遗传多样性情况,本文对我国华南沿海8个城市的黄鳍棘鲷遗传多样性进行研究。本研究主要分为两个部分,第一部分是黄鳍棘鲷的形态学分析,第二部分是基于线粒体DNA D-loop的遗传多样性研究。本实验研究的对象来自我国南部沿海黄鳍棘鲷主要生活的8个城市,分别是防城港、钦州、北海、海口、三亚、阳江、汕尾和厦门。在以往的研究中,并没有对多达8个城市地区的黄鳍棘鲷进行研究,这次实验也将比以往的研究有着更多的内容和更精确的结果。形态学分析采用主成分分析,聚类分析和判别分析,其得到的实验结果如下:在主成分分析中进行KMO和巴特勒球度检验,KMO检测值为0.804,巴特勒球度检验为0,证明其可以采用主成分分析,通过主成分分析,得到7个主成分,其累计贡献率为78.505%,主成分一贡献率为33.084%,其他主成分贡献率分别为16.550%、9.696%、5.820%、5.04%、4.257%、4.058%。载荷因子矩阵显示,主成分一主要为鱼体躯干部水平方向,在主成分二中主要以鱼体尾部的指标为主,主成分三中主要为体高。通过分散图发现,各个地理群体存在着不同程度的重合,阳江和厦门之间群体重合度最高,防城港群体和三亚群体以及钦州群体和汕尾群体重合较少。通过聚类分析发现,三亚,阳江,汕尾群体的欧氏距离最近,最先聚集在一起,然后再与海口和厦门群体聚集在一起,钦州,北海和防城港则单独聚在一起。这样的分布大致上符合地理位置的分布,即雷州半岛和琼州海峡将黄鳍棘鲷群体大致分割为两部分。最后,判别分析结果显示最低的判别率为北海的71.2%,其余判别率均超过80%。北海与阳江地区产生分歧最大,推测可能是因为地理位置和海流的原因。通过分子D-LOOP序列进行遗传结构分析得到的结果显示,在我国华南沿海8个城市,320条黄鳍棘鲷的D-loop序列全长为947-958bp。共检测到29个缺失或插入位点,210个变异位点,其中简约信息位点为142个,单一的变异位点为68个,总体的变异位点为210个,单倍型数268个。单倍型多样性为0.99843,核苷酸多样性为0.01570,与以前研究的的数据做对比发现,其遗传多样性数值为减少的状态,说明其遗传多样性为下降状态。在聚类分析中,8个群体被雷州半岛和琼州海峡分割为东西两部分,遗传分化系数为-0.01268-0.46674,基因流（Nm）为0.57126-inf,且组群群体间的遗传距离和遗传分化指数均较大,且基因流值小。通过AMOVA发现,组群间遗传变异为33.62%,组群内群体间为0.32%,群体内个体间为66.26%。同以前的数据对比发现,其组群间的变异百分百在降低,而发生在群体内个体间的遗传变异在升高。另外在中性检验显示tajima’s D为-1.69477,Fu’s Fs为-23.68339,且核苷酸错配表现为单峰,表明华南沿海的黄鳍棘鲷群体很可能经历了种群扩张事件。总体来说华南沿海的黄鳍棘鲷遗传多样性较为丰富,雷州半岛和琼州海峡以东和以西有一定程度的分化,可以分为以东或者以西两部分分别进行管理。