健全以政府投入为主、社会多渠道投入为辅的投入机制,是完善我国科技创新体制的重要内容。然而,以政府研发投入为主的模式是否有效地激励了企业创新,进而推动创新驱动发展战略的实施,已有研究的结论尚存在争议。利用2003-2013年中国专利数据库和中国工业企业数据库,结合工业企业的主营业务范围,本文首先匹配出各工业企业与主营业务相关的专利,然后将企业层面的数据整理成地级市层面的宏观数据,再分析各城市研发投入中来自政府和非政府的资金对企业专利增长的作用效应。结果显示:第一,政府研发投入有助于提升企业专利增长水平,但其对企业专利的质量增进作用有待改善。第二,研发投入中来自非政府资金的投入对相关专利的作用要优于非相关专利。考虑到非政府资金主要是源自企业自有资金,这预示着引导企业自主增加研发投入将更有助于促进具有更高质量的专利增长。第三,政府研发投入对企业专利增长的激励作用存在异质性。在中西部地区、国有经济成分较高以及工业化水平较高的城市,政府研发投入的作用会更强。第四,从影响因素看,专利代理机构有助于提升政府研发投入对两类专利的正向作用,特别是非相关专利的增长。据此,本文的研究结论揭示:首先,当前的政府研发投入更多是拓展了企业专利增长的外延范围,使得企业大量增加与主营业务无关的专利,这可能是造成近些年我国专利市场“乱象纷呈”、“垃圾专利”盛行的原因之一;其次,改“政府补贴”为“税收减免”方式,以增强企业自主研发投入,会更有利于增加企业在与主营业务相关的专利产出;再次,要重视国有经济对政府研发投入资金使用效力的削弱效应,避免国有企业“为补贴而专利”,营造出大量与主营业务不相关的专利;最后,要进一步正确认识专利代理机构的中介作用,以促进企业与主营业务相关专利的数量增长,提高政府资金的研发投入效率。