创新驱动发展战略的实施需要区域创新投资的统筹与管理,这一实践的需要将促使区域创新效率及其影响影响因素的研究成为学者与政策制定者关注的焦点。首先,本文基于创新价值链理论将创新过程分为相互关联的科技研发和经济转化两个阶段,并运用网络SBM-DEA模型测算了 2005-2014年中国30个省市的整体和分阶段的创新效率。其次,本文基于创新系统理论将创新环境划分为创新主体环境、创新支撑环境、国内市场环境和国际技术溢出环境,并运用DEA-Tobit回归模型检验了各个阶段创新效率的主要影响因素。实证结果表明:(1)中国各省市创新整体效率值偏低,且阶段性差异明显。(2)中国区域创新效率差距缩小,西部呈明显的赶超效应。(3)创新效率影响因素的区域异质性显著。在科技研发阶段,政府财政支撑与全国创新效率显著正相关,而企业与高校的联系、信息支撑和金融支撑不利于全国创新效率的提升。从各区域来看,东部地区财政支撑与创新效率显著负相关,中西部地区信息支撑与与创新效率显著负相关。在经济转化阶段,高新技术产业和技术市场的发展有利于提升全国创新效率,而进出口贸易与全国创新效率显著负相关。高新技术产业对东中部地区的创新效率有显著的正向作用,但外商直接投资与这两个地区的创新效率显著负相关。最后,本文根据创新效率评价和影响因素回归的实证结果分别从两阶段视角出发提出相关政策建议。