近年来，医疗纠纷案件快速增加，2003年1月，最高人民法院发布《关于参照〈医疗事故处理条例〉审理医患纠纷民事案件的通知》，对于医患纠纷诉讼中涉及医学专门性问题的鉴定作出了规定，即《医疗事故处理条例》实施后发生医疗事故引起的医疗赔偿纠纷，诉讼到法院的，交由条例规定的医学会组织鉴定。因为医疗事故以外的原因引起其他医疗赔偿纠纷案件，需要司法鉴定的，按照《人民法院对外委托司法鉴定管理规定》组织鉴定。本文首先对我们医疗纠纷的现状、解决办法、法律延续及鉴定情况进行梳理，显示了我国医疗纠纷鉴定的改革的紧迫性。其次，通过对两种鉴定制度启动、受理、鉴定过程、鉴定意见书的阐述，分析各自利弊。从技术层面来看，医疗事故技术鉴定的专家更能够根据医疗行为的实际情况，客观的分析医务人员过失行为及应当承担的责任。但是从法律制度层面，其却有着明显缺陷，鉴定人权利义务不明确，质证不能。医疗纠纷司法鉴定，从法律程序上来看，更公正、公平，鉴定人权利义务明确，鉴定结论便于质证。但从技术层面来看，鉴定人缺乏足够的临床经验与技能，对于具体医疗行为很难做出科学、客观、公平的评判。最后，试图通过结合两种鉴定制度的优势，探讨新的鉴定机制方法——消除二元鉴定体制，设立医疗司法鉴定类别、专家证人、错鉴追究制度。