《专利审查指南》(以下简称《审查指南》)属于国务院部门规章,是专利法及其实施细则的具体化,人民法院在专利诉讼中对《审查指南》的正确适用与否,不仅影响具体案件的走向,而且会产生较强的司法导向作用。因此,必须确保《审查指南》在专利诉讼中的正确适用。在司法实践中,人民法院、国务院专利行政部门、有关当事人对于在专利诉讼中适用《审查指南》并无异议,但并不明确应遵循何种原则。对《审查指南》的具体规定,尤其是在《审查指南》多次修订过程中发生演进的规定的解读和适用标准,各方也存在争议。由此引发诸多问题,并亟需确立在专利诉讼中正确适用《审查指南》的基本原则与具体操作方法。笔者基于在实际工作中的长期困扰,提出在专利诉讼中是否应适用《审查指南》,如何正确适用《审查指南》的问题。通过对司法裁判文书的检索、筛选、统计与分析,确认了该问题的普遍性、类型多样性与极富争议性。由于国内对该问题的研究非常欠缺,因此,一方面尝试从域外司法实践中寻求借鉴;另一方面,从法理学和《审查指南》的历史沿革等角度,印证妥善解决该问题的必要性与重要性。继而在批判性地剖析现有观点及做法的基础上,为问题的解决提出个人建议。具体而言,本文主体结构包含四章。第一章探讨了《审查指南》在专利诉讼中适用的现状。首先,论述了《审查指南》在专利诉讼中的法律地位,具体涉及《审查指南》的法律位阶、在专利诉讼中适用的基本情况、人民法院对《审查指南》在专利诉讼中适用的立场。其次,通过实证研究(检索与分类统计)对《审查指南》在专利诉讼中适用情况进行统计、分析。第二章延续实证研究,通过典型案例分析,归纳当前司法实践中《审查指南》的具体适用情形,总结存在的典型问题,试图填补国内在这方面的研究空白,也便于后续针对性地提出问题解决方案。第三章通过比较法研究,了解美、欧、日、韩等国家和地区的专利审查指南在专利诉讼中适用的相关情况,具体涉及上述国家/地区的专利审查指南的法律地位以及在各自专利诉讼中的适用性,为中国的专利实践提供借鉴。第四章从法理学角度、《审查指南》的自身演进角度以及司法导向需求角度,探析在专利诉讼中正确适用《审查指南》的必要性。并树立应严格贯彻执行“法不溯及既往,从旧兼有利”基本原则的立场,强调准确理解并适用不同版本《审查指南》的相关规定的重要性,为确保《审查指南》在专利诉讼中的正确适用提供建议。