“科学技术发以几十年前还不可想象的速度重塑着我们的世界”，世界各国展开了以自主创新能力为核心的科学技术竞争，因此增强国家创新能力成为各国科技政策的重心。增强国家竞争力需要有强力的科技创新体系来支撑，科技创新体系中包含了政府部门、创新企业、高等院校、国家科研机构、非营利科研机构等组成。在我国，较之大企业利用自身企业研究院实现自主创新，占企业总数99.4％的区域型中小企业的自主创新能力明显不足，是导致我国科技成果转化率低的根源之一。利用区域科技创新体系及体系中科研机构、高校、非营利组织等成员单位的集成力量，是增强我国中小企业自主创新能力的重要途径。近年来，非营利科研机构在全球蓬勃发展，在社会经济中扮演了愈来愈重要角色。回顾我国非营利科研机构发展历程，虽然非营利科研机构在科技创新体系中起到了一定的积极作用，但是非营利科研机构功能的缺位、错位和不到位却是一个不争的事实。　　 本文以非营利科研机构在区域科技创新体系中的功能、运作和资金来源为主要研究内容，深入分析我国非营利科研机构发展的现状及问题，在借鉴发达国家（地区）非营利科研机构基本理论及其先进运作模式的基础上，对区域科技创新体系中非营利科研机构进行概念界定以及功能定位，对其运作模式进行多方位统筹思考，对资金来源渠道进行深入剖析。本论文认为我国非营利科研机构定义应指主要从事社会公益为主的学科研究、技术咨询与服务活动，不以营利为目的，自主且独立运作，以推进科技进步为宗旨，是国家科技创新体系的重要组成部分的科研机构。本论文旨在构建面向中小企业的非营利科研机构，通过促进区域科技创新体系中高等院校、国家科研机构及中小企业的良性互动，克服“市场失灵”、“政府失灵”的缺陷，对系统中的薄弱环节或“空洞”提供补偿，推动地区产业结构升级，促成整个社会的良性循环。　　 从南京市非营利科研机构建设应放在如何在区域科技创新体系中发挥应有功能的角度去考虑，本论文对南京市非营利科研机构的发展策略进行了初步设计，强化其在科技与经济有机结合的过程中发挥“黏合剂”的功效，希望以此激发中小企业自主创新能力，推动南京市产业结构升级。