耐药基因是近年来引起人类重视的一类新型污染物。禽蛋可作为耐药基因的食源性污染源和传播媒介。本研究创新性地结合宏基因组学、传统微生物培养法、药敏试验法对禽蛋表面菌种群落多样性、耐药菌比例和耐药基因丰度进行的研究。结果表明:1、禽蛋清洁程度对细菌总数的影响,鸡蛋生产的洁蛋操作在一定程度上降低了禽蛋表面的细菌总数。磺胺类(SMZ)、四环素类(TET)、喹诺酮类(CIP)、大环内酯类(ERY)是三类禽蛋乳糖发酵型肠杆菌明显的耐药种类。2、禽蛋上乳糖发酵型肠杆菌的耐药性很高。在三类禽蛋表面乳糖发酵型肠杆菌耐药性情况不同,但均对四环素类耐药率达98.7-99.6%,对氯霉素也具有高耐药率;检测到的菌株多为多重耐药菌株,甚至发现八重耐药菌的存在。3、在不同类型禽蛋表面均检测到耐药基因,高达21种耐药基因类别,其中共检测到耐药基因亚型洁鸡蛋299种、非洁鸡蛋195种、非洁鸭蛋274种。禽蛋表面含较多multidrug类(多药类)、tetracycline类(四环素类)、aminoglycoside类(氨基糖苷类)、macrolide-lincosamide-streptogramin类(大环内酯类-林克酰胺类-链霉素类)、sulfonamide类(磺胺类)耐药基因。乳糖发酵型肠杆菌中高丰度的耐药基因类别和耐四环素乳糖发酵型肠杆菌的具有相似性,且携带的耐药基因丰度比禽蛋表面总微生物的高。实验所得的禽蛋耐药基因数据和目前研究发现的禽畜数据集一致。结果显示了禽蛋对人类健康潜在风险。