清朝入主中原后,为巩固统治、加强中央集权,在保证国家司法权统一的前提下,对蒙古地区实行特殊政策、灵活措施,通过制定《蒙古律例》、《理藩院则例》等一系列特别法律法规,对蒙古地区的司法制度进行了严格而周密的规定:在行政法律方面,将盟旗制度规定为蒙古地区的基本行政制度,各旗在自己的范围内行使中央政府授予的权力,从而确立了清王朝对蒙古的行政管辖,在蒙古地区有效地行使国家主权;在刑事与民事法律方面,考虑到蒙古民族的大量纠纷往往通过长期形成的传统习惯来解决,在立法中较多沿用了蒙古传统习惯法。与此同时,注意将中原地区倡导的封建伦理纲常,封建礼仪制度和蒙古传统习惯法互相渗透、结合,制定出适宜蒙古地区的刑事、民事法律法规。清朝一方面尊重蒙古民族的风俗习惯和传统法律制度,给与其一定的司法自主权;另一方面又通过各种途径加以控制其审判权。二者的统一实现了清政府对蒙古地区深入有效的司法管辖,在一定程度上保障了北部边疆的安宁,有利于多民族的封建专制国家的稳定与发展。