紫杉醇是从红豆杉属植物中提取的一种具有高效抗肿瘤活性的药物,因其独特的抗癌机理成为新一代抗癌药物的代表。但紫杉醇的化学合成方法效率低,天然提取紫杉醇的资源受限。生物合成紫杉醇成为一种有潜力的方法,但还有数个基因未克隆和鉴定。本文针对紫杉醇侧链生物合成的3个基因:氨基变位酶(PAM)、苯基丙酸-CoA转移酶(BAPT)、3-N-苯甲酰基转移酶(DBTNBT)的染色体分布,展开研究。通过同源克隆得到东北红豆杉侧链合成酶PAM、BAPT、DBTNBT的部分基因序列,利用热不对称交错PCR方法,分别向3个基因的上下游扩增侧翼序列,得到PAM及其上下游序列共4.5kb,BAPT及其上下游序列共6.6kb,DBTNBT及其上下游共4.3kb。生物信息学分析表明PAM基因含有2个外显子和1个内含子,ORF长1815bp,启动子长约353bp,终止子长约723bp;BAPT基因含有2个外显子和1个内含子,ORF长1333bp,启动子长约103bp,终止子长约245bp;DBTNBT基因含有2个外显子和1个内含子,ORF长1326bp,启动子长约455bp,终止子长约158bp。对紫杉醇合成途径中的46个基因的碱基组成分析,表明G/C含量较低(43.4%)。密码子偏爱性分析,发现紫杉醇生物合酶编码氨基酸Ala、Asp、Phe、Gly、His、Asn、Arg、Thr、Tyr的密码子具有明显的偏爱性,它们均偏爱使用含有A/T的密码子,同时出现频率较高的密码子也多含有A/T,这与紫杉醇合成基因A/T含量高是一致的。以上对紫杉醇侧链合成途径3个酶基因的初步认识和紫杉醇合成途径密码子偏爱性的初步研究,为以后深入研究紫杉醇侧链生物合成奠定了一定基础。