从世界各国的经验看,农业合作是一种趋势,据农业部统计,截至2006年底,我国农村已经出现各类专业合作经济组织140万个,特别是2007年7月1日《农民专业合作社法》实施以来,农业合作的势头更加喜人。合作社的治理对合作社发展起着至关重要的作用。国外对合作社治理的研究比较多。传统合作社坚持所有者、惠顾者与经营者于一体,实行严格的一人一票制,体现社员民主管理,却给治理带来了缺乏效率等问题。针对“新一代合作社”,有学者提出合作社公司化的趋势,这种观点有失偏颇,因为合作社与公司的组织功能和设立目的是不同的。随着各国合作社法人地位的确立,合作社的治理也应当遵循法人治理的一般规则。法人治理的经典是公司法人的治理,所以合作社的治理中还是可以借鉴公司治理中的优秀制度。《农民专业合作社法》对合作社治理的组织结构设置包括:成员大会、理事会、监事会。但是研究表明,法律设置还存在一些问题,比如法律并没有强制设立监事会等,另外合作社在现实运作中仍然存在很多问题如:内部治理结构不规范,内部人控制,成员参与积极性不高。为解决这些问题,应当完善合作社的治理机制。在组织机构中,设立理事长、理事会、监事会、经理和成员大会这些机构,完善这些机构的设置,明确各自的职责,引入如理事回避的制度,同时赋予监事“签单权”等。在运行机制上:合理配置成员大会、理事会与经理的决策权力,坚持成员大会最高权力机构的地位;突破只按惠顾量返还和股金分红的分配制度,增加管理人员对利润的剩余索取权,分配制度中仍然应当坚持以成员为主体,坚持以按惠顾量返还为根本;建立一个完整的内部监督体制,不仅仅包括监事会的监督,还应当包括成员的监督,成员大会的监督,理事会的监督,应当重视成员和成员大会的监督,因为他们才是合作社最主要的主体。合作社始终要坚持的是为成员服务,保障成员的根本利益。因此,合作社的治理中必须坚持成员民主,按惠顾返还盈余和资本报酬有限这三个原则,它的治理始终应当坚持以成员大会为中心,构建“成员大会中心主义”的治理结构。