党的十八届三中全会对全面深化改革做出重大部署，面对新形势下的新要求、新任务，审计机关作为国家治理的监督部门，必须要创新突破、重新定位，明确今后审计事业发展的重点目标。在新的历史形势下，为顺应我国全面深化改革的形势要求，必须做到全国性的绩效审计工作全覆盖。因此，创新我国绩效审计方法、加强法制化建设，探索一条独立型绩效审计之路在现阶段尤为重要。我国公共资金绩效审计目前虽处于探索提升阶段，但已成为建立务实、清廉、责任型政府的一条重要途径。审计监督全覆盖是当前国家治理对国家审计提出的新要求，公共资金绩效审计是促进“审计监督全覆盖”尽早实现的有效途径。因此，如何能够进一步提高公共资金绩效审计水平，需要研究人员不断探索。本文从围绕新时期全面深化改革的形势和现阶段我国开展公共资金绩效审计面临的突出问题入手。作者本着立足审计实务，力求理论联系实际的写作态度，将一年来所收集、研究的大量文献资料和几年来审计工作实践经验相结合，完成了这篇硕士论文的撰写。文章开篇从我国公共资金绩效审计的背景及研究意义入手，继而展开思路提出了新时期我国公共资金绩效审计的创新思想，并结合公共资金绩效审计的相关理论，同时例举了我国公共资金绩效审计应用于大型审计项目中的实例，进而论述了我国公共资金绩效审计的现状及当前存在的主要问题：绩效审计认识不够、审计技术方法落后、审计人力资源薄弱、审计评价指标较难、审计结果运用不充分。针对问题，作者提出了相关的建议及对策：加强管理提高认识、推进联网审计技术、创新人力组织模式、完善评价指标体系、协同合作促进成果运用。以期能对我国公共资金绩效审计工作提供一些借鉴，从而在完善国家治理中，充分发挥审计的免疫系统功能。