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肠道微生物广泛存在于动物肠道中,它不仅参与机体对营养物质的消化吸收,同时协助宿主完成多种生理生化过程。目前,国内外在肠道微生物对人类和畜禽动物的影响方面开展了众多研究,但对鱼类肠道微生物的菌群结构及多样性仍缺乏系统性研究。本实验对不同养殖环境(稻田养殖和池塘养殖)和不同品种(尼罗罗非鱼、奥利亚罗非鱼、奥利亚罗非鱼♀×尼罗罗非鱼♂和尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)的罗非鱼肠道微生物菌群结构和多样性影响进行较系统的研究,通过Illumina Hi Seq测序平台利用16S r RNA高通量测序方法,探究不同品种及养殖环境的罗非鱼肠道微生物菌群组成的多样性及差异。主要研究结果如下:1.四种不同品种罗非鱼肠道微生物比较分析(1)本研究共获得45084个OTUs,序列数排列为C组(奥利亚罗非鱼♀×尼罗罗非鱼♂)>AN组(尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)>N组(尼罗罗非鱼)>A组(奥利亚罗非鱼)。Gra Phl An图显示,四种罗非鱼的优势菌群主要为疣微菌门(Verrucomicrobia)、厚壁菌门(Firmicutes)、绿弯菌门(Chloroflexi)、浮霉菌门(Planctomycetes)、放线菌门(Actinobacteria)和变形菌门(Proteobacteria),其次是梭杆菌门(Fusobacteria)、拟杆菌门(Bacteroidetes)和酸杆菌门(Acidobacteria)。这些优势菌门在四种罗非鱼肠道微生物菌群的比例不同,其中浮霉菌门和变形菌门所占比例在四种罗非鱼肠道微生物菌群中最大,分别为43%和30%。实验结果显示不同品种的罗非鱼肠道微生物菌群分布存在差异(P>0.05),但不显著。(2)主坐标分析(PCoA)显示,采用Unweighted算法得出四种罗非鱼肠道微生物菌群结构差异较大,而采用weighted算法得出四种罗非鱼肠道微生物菌群结构相似。主成分分析(PCA)显示,四组样品的肠道微生物群落组成结构相似。非度量多维尺度法(NMDS)显示,四种罗非鱼肠道微生生物存在明显差异。在属水平上,四种罗非鱼肠道微生物菌群丰富度排名靠前的是Thermogutta、Spartobacteria＿genera＿incertae＿sedis、Pirellula、Clostridium sensustricto、Mycobacterium和Methylocystis,7种菌属在四种罗非鱼肠道微生物菌群的比例均有不同变化。N组(尼罗罗非鱼)和AN组(尼罗罗非鱼♀×奥利亚罗非鱼♂)罗非鱼肠道微生物菌群在Thermogutta、Pseudomonas、Spartobacteria＿genera＿incertae＿sedis和Pirellula中的百分比相近。2.稻田和池塘养殖罗非鱼肠道微生物比较分析(1)本研究共获得4016个OTUs,序列数排列为DT组(稻田)>CT组(池塘)。在门水平上,梭杆菌门、变形菌门、厚壁菌门、蓝菌门和拟杆菌门是稻田和池塘组罗非鱼肠道微生物菌群中相对丰度较高的菌群,结果表明不同养殖环境的罗非鱼肠道微生物菌群组成分布不同,梭杆菌门在稻田和池塘养殖罗非鱼肠道微生物菌群中所占比重最高,分别为80%和66.38%。(2)主坐标分析(PCoA)分析显示,采用Unweighted算法得出稻田和池塘养殖罗非鱼肠道微生物菌群结构差异较大,而采用weighted算法得出稻田和池塘组罗非鱼肠道微生物菌群结构相似。主成分分析(PCA)显示,两组样本的肠道微生物群落组成结构相似。非度量多维尺度法(NMDS)显示,稻田和池塘组养殖罗非鱼肠道微生生物存在明显差异。在属水平上,在稻田组罗非鱼肠道微生物菌群中主要是Cetobacterium、Paeniclostrdium、Romboutsia和Plesiomonas;而在池塘组罗非鱼肠道微生物菌群中主要是Cetobacterium、Enterovibrio、Plesiomonas、Paeniclostrdium和Romboutsia。5种菌属在两个不同养殖环境下罗非鱼肠道微生物菌群的比例不同,Cetobacterium在两种养殖环境下所占比例最大,稻田组中占78.84%,池塘组中占61.80%。不同养殖环境下罗非鱼肠道微生物菌群分布不同。