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目的:将深度测序技术应用于了解HIV感染者之间的传播关联、构建和分析MSM人群HIV传播网络,为寻找HIV关键传播者、制定防控策略提供科学依据。方法:以云南省某市2016-2017年性伴发掘项目发现的MSM人群HIV感染者作为研究对象。采集静脉血样品,提取样品中的核酸,通过巢式PCR扩增env、gag、pol三基因区片段(长度依次为625bp、1028bp、1036bp)进行测序和基因亚型分析。分别以env、gag、pol三基因区短片段(长度依次为376bp、384bp、387bp)为目的片段,进行巢式PCR扩增,扩增产物经测序确认无误后纯化、混合构建DNA文库,进行深度测序(Hiseq平台)。分析各样品中的HIV准种群分布,对基因亚型相同的样品序列构建系统进化树、计算基因离散率并构建HIV传播网络,分析HIV传播子网络,找出传播关键点。结果:(1)本研究有38位种子感染者,其中13人未成功动员其性伴进行检测,25人成功动员或提供联系方式的性伴68人,实际接受检测68人,检测出阳性8人,其中6人为一层性伴,2人为二层性伴。在46位HIV感染者中采集45位的血液样品纳入本研究。自述发生过性行为的性伴包括:1号和2号、2号和12/13号、3号和8号、6号和9号、4号和19号、34号和40号。新报告者占48.89%(22/45),既往阳性者占51.11%(23/45)。45人中采样前参加抗病毒治疗者有24人,其中治疗时间≤3个月的占25%(6/24),3个月至1年的占29.17%(7/24),≥1年的占45.83%(11/24)。(2)样品核酸有3份未扩增成功,42份扩增成功,占93.33%(42/45)。HIV基因亚型主要集中在CRF01_AE和CRF07_BC,合计占95.24%(40/42),性伴3和8号基因亚型不同,可以排除它们之间存在传播关系的可能性。(3)通过深度测序env、gag、pol三基因区获得有效序列分别为23681～1669877条(平均347585条)、125523～1027642条(平均400702条)、18092～441024条(平均201117条),剔除重复序列后,获得独特准种群数分别为23～2658个(平均533个)、354～1035个(平均652个)、57～895个(平均495个)。深度测序结果支持34号和40号间存在直接传播关系的流行病学信息。(4)在CRF01_AE亚型样品核酸序列构建的传播网络中,env、gag、pol基因区分别发现4、13、8个关键点,可被三个基因区确认为关键点的有4、17号感染者,可被两个基因区确认为关键点的有16、20、25、26、36、45号感染者,只能被一个基因区确认为关键点的有1、10、15、18、24、27、43号感染者,提示这些感染者在传播中存在更大的传播风险;在CRF07_BC亚型样品核酸序列构建的传播网络中,env、gag、pol基因区发现1、1、5个关键点,分别为27、11、5、28、37、39和44号感染者,同样提示这些感染者在传播中存在更大的传播风险。(5)使用深度测序结果构建的CRF07_BC亚型样品的传播网络发现,gag基因区和pol基因区GD值分别缩小为6.5%和4.5%,范围更加精确。结论:深度测序数据可以在准种水平上揭示HIV感染者之间的传播关系和传播网络。结果显示MSM人群HIV感染者之间的传播关联比当事人提供的线索要复杂得多,这有利于优化现有的MSM性伴发掘项目实施方案,识别关键传播者、发现更多HIV感染者。