一步法双重荧光定量RT-PCR检测DHAV-1和DHAV-3方法的建立与应用

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鸭病毒性肝炎(Duck Viral Hepatitis, DVH)是由鸭肝炎病毒(Duck hepatitis virus, DHV)引起的一种鸭的急性、高度致死性传染病,给我国乃至全世界的养鸭业造成了巨大的经济损失。本文针对1型鸭甲肝病毒(DHAV-1)的VP0基因及3型鸭甲肝病毒(DHAV-3)的VP3基因分别设计引物和TaqMan探针,建立了分别检测DHAV-1和DHAV-3的单一荧光定量RT-PCR方法及同时检测DHAV-1和DHAV-3的双重荧光定量RT-PCR方法,主要结果如下:1、荧光定量RT-PCR检测DHAV-1在DHAV-1 VP0区域设计引物及TaqMan探针,建立了一步法rRT-PCR检测DHAV-1的方法。该法在底物(DHAV-1核酸)浓度为4.88×1010 copies/μL-4.88×101 copies/μL范围内相关方程为Y=-3.367X+42.688,R2=1.000,具有良好的线性关系;扩增效率为98.1%,对核酸的检出低限为49copies/μL,该检测方法对DHAV-3、鸭疫里默氏杆菌、鸭瘟、大肠杆菌、肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、多杀巴氏杆菌、新城疫病毒、番鸭细小病毒、鸭肿头出血症病毒、雏鹅新型病毒性肠炎病毒等病原检测为阴性,具有良好敏感性和特异性。2、荧光定量RT-PCR检测DHAV-3在DHAV-3 VP3区域设计引物及TaqMan探针,建立一步法rRT-PCR检测DHAV-3的方法。该方法在底物(DHAV-3核酸)浓度为4.72×1010copies/μL-4.72×101 copies/μL范围内相关方程为Y=-3.373X+44.261, R2=0.996,具有良好的线性关系:扩增效率为97.9%;对核酸的检出低限为48copies/μL,该检测方法对DHAV-1、鸭疫里默氏杆菌、鸭瘟、大肠杆菌、肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、多杀巴氏杆菌、新城疫病毒、番鸭细小病毒、鸭肿头出血症病毒、雏鹅新型病毒性肠炎病毒等病原检测为阴性,具有良好敏感性和特异性。3、一步法双重荧光定量RT-PCR检测DHAV-1和DHAV-3方法的建立在DHAV-1 VP0区域和DHAV-3 VP3区域分别设计引物及TaqMan探针,建立了一步法双重rRT-PCR检测DHAV-1和DHAV-3的方法。该方法在底物(DHAV)浓度为1010-101 copies/μL数量级范围内具有良好线性关系。其中,DHAV-1标准曲线方程式为Y=-3.371X+42.679,R2=0.999,扩增效率为98.0%,灵敏度为49copies/μL, DHAV-3标准曲线方程式为Y=-3.398X+42.858,R2=0.998,扩增效率为96.9%,灵敏度为5copies/μL。该方法仅对DHAV-1和DHAV-3呈检测阳性,而对鸭疫里默氏杆菌、鸭瘟、大肠杆菌、肠炎沙门氏菌、鼠伤寒沙门氏菌、多杀巴氏杆菌、新城疫病毒、番鸭细小病毒、鸭肿头出血症病毒、雏鹅新型病毒性肠炎病毒等病原检测阴性,具有良好敏感性和特异性。4、DHAV-3单独或与DHAV-1混合感染在鸭胚内的增殖规律应用建立的一步法rRT-PCR方法对DHAV-3在鸭胚体内增殖和分布进行检测,结果表明鸭胚在感染DHAV-3后24 h各组织均检出DHAV-3(含量为104-105 copies/g数量级),鸭胚死亡时间集中在接种DHAV-3后56-60,h,死亡鸭胚各组织病毒含量为107-109 copies/g数量级,其中尿囊膜含毒量最高为109.73.copies/g。对采集自全国各地的38份疑似鸭肝炎肝脏病料进行单一荧光定量RT-PCR检测及双重荧光定量RT-PCR检测,二者检测结果一致,其中27份为DHAV-1、7份为DHAV-3、4份为DHAV-1和DHAV-3混合感染。对DHAV-1和DHAV-3混合感染鸭胚中DHAV-1和DHAV-3的增殖和分布进行检测,结果表明鸭胚各组织中DHAV-1与DHAV-3均在接种后60 h达到最大病毒含量,为108-1010 copies/g数量级;其中肌肉、心、肝、肌胃和肠DHAV-1含量最高达10’0copies/g数量级,脑和尿囊液DHAV-1含量最高约为109 copies/g数量级;脑、肌肉、心、肝、肌胃和肠DHAV-3含量最高为108-109 copies/g数量级,尿囊液DHAV-3含量最高达1010 copies/mL数量级。对不同比例病毒量混合接种死亡鸭胚尿囊液及胚体进行一步法双重rRT-PCR检测发现,当固定DHAV-1接种量为10 copies时,随着DHAV-3接种量的减少(108-104copies),死亡鸭胚尿囊液中DHAV-3增殖拷贝数量级由108 copies/mL降至104copies/mL,胚体中DHAV-3含量由107 copies/g降至106 copies/g数量级;当DHAV-3接种量为108 copies,随DHAV-1接种量的减少(108-104 copies),死亡鸭胚尿囊液中DHAV-1增殖量稳定在108-109 copies/mL数量级,胚体中DHAV-1含量稳定在109copies/mL数量级。以上结果表明,DHAV-1增殖能力强于DHAV-3且对DHAV-3的增殖具有一定的抑制作用。
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