启动子是DNA链上可以与RNA聚合酶特异结合的部位。启动子活性分析是一种非常重要的研究相关基因功能和时空特异性表达特征的手段。我们首先用传统的酶切克隆方法，基于pCAMBIA1303载体系统，分析了拟南芥12个基因的17个不同长度的启动子片断的活性。虽然实验成功的占大多数，但也发现了很多问题。通过对这些启动子序列和转基因植株染色结果的深入分析后发现：基因5’端非翻译区、启动子片断长度、启动子自身TATA盒和起始因子的位置、以及转录起始和编码区ATG之间其它的竞争性ATG的存在与否，都对能否获得染色结果起着重要的影响。选择标记基因的增强子也干扰着实验的成功与否和精确性。另外，转基因植物的株系间差异很大，影响启动子功能的深入研究。为了进行更加高效的植物启动子分析，我们采用了Gateway重组克隆体系。鉴于目前通常认为转基因株系差异主要是因为不同插入位置附近的染色质结构以及各种激活或抑制信号引起了插入基因的表达异常。而绝缘子作为一种中性屏障，对防止邻近致密染色质和其它基因结构域或调控信号的影响起着重要的作用，因而在减少转基因位置效应中的应用也越来越广泛。绝缘子在动物，如小鼠，兔子和培养细胞系等的转基因中应用已经相当广泛和成熟，但它在植物转基因中的应用也非常有限。于是我们在Gateway植物启动子分析载体中加入了果蝇的绝缘子序列。结果非常令人振奋，该绝缘子显著减少了拟南芥转基因的株系差异。另外为了缩短Gus染色时间提高实验效率我们还在该基础上添加了翻译增强序列，实验结果也与预期相符。最后，为了消除筛选标记基因的增强子对待分析启动子的干扰作用，我们在绝缘子上下游加入了不同的报告基因，期望插入一定长度的DNA片断能削弱并直观观察筛选标记对下游待分析启动子的干扰。