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孔雀草和万寿菊杂交育种的目标是培育早花、大花、多花、高重瓣和较长观赏期的品种。本论文利用表型聚类对孔雀草和万寿菊自交系和雄性不育系进行分析和选择；利用所选的亲本进行种内和种间杂交育种研究。获得主要结果如下：(1)对39份孔雀草和万寿菊自交系和不育系相似系数分析表明,相似系数在0.0000至0.5714之间,平均值为0.2136；相似系数最大的组合有16组,均为种内组合,相似系数最小的组合有92组,大部分为种间组合：孔雀草种内的相似系数平均值为0.2064,万寿菊种内的相似系数平均值为0.3286,孔雀草和万寿菊种间的相似系数平均值为0.1596。聚类分析表明,39个材料可分成5大类,其中第Ⅰ、Ⅱ和V类全为孔雀草,第Ⅲ和Ⅳ类为孔雀草和万寿菊的混合。(2)以孔雀草雄性不育系BY和万寿菊不育系M525AB. M911AB、H008AB为母本,万寿菊自交系F9904、F9906,孔雀草自交系K4、K5、K13、K15、K17、K19、K30为父本,按照NCII不完全双列杂交配成36个组合。后代结实率和发芽率分析表明,种间杂交的平均结实率大于种内杂交的平均结实率,而平均发芽率低于种内杂交的平均发芽率。通过对27个杂交组合(BY参与的9个杂交组合除外)18个园艺性状的杂种优势分析表明,杂交组合在花序直径和舌状花层数上具有超亲优势,在株幅、分枝数、花序高度、花序直径、花心径、单株花朵数、舌状花层数和单花期上具有中亲优势,在株高和管状花层数上超亲优势和中亲优势都为负值；种间杂交在单株花朵数上具有比种内杂交更强的杂种优势,在花序直径、舌状花层数和单花期上杂种优势弱于种内杂交。BY参与的9个杂交组合超父本优势分析表明,杂交组合在分枝数和单株花朵数上超父本优势为正值,在其他性状上为负值。一般配合力分析表明,雄性不育系H008AB和M525AB是符合育种目标的优良母本,自交系K5、K17、K19、K30和F9904是符合育种目标的优良父本。特殊配合力分析表明,H008AB×F9904、H008AB×K17、M911AB×K30、H008AB×K30和M525AB×K5为综合性状优良的杂交组合。遗传力分析表明,株高、株幅主要由基因加性效应控制,花序直径、花心径和管状花层数同时受基因加性效应和非加性效应控制,分枝数、舌状花层数、单株花朵数和单花期主要受非加性效应影响。相关性分析表明,分枝数与株幅没有明显的正相关性,而与单株花朵数呈极显著正相关；花序直径与舌状花层数和单花期呈极显著正相关,与单株花朵数呈极显著负相关。