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在明清时期，一部分医家逐渐摆脱了《黄帝内经》温病观念的影响，认为应该把温病从伤寒中分离开来。他们在临床实践中逐渐认识到温病无论在病理上还是在治疗原则和治疗方法上都与伤寒不同。于是著书立说，表达自己对温病的看法。由于人数众多，著作丰富，后世将他们称为温病学派。根据他们研究对象的差异，温病学派可以分成温疫派和温热派两大医家群体。温疫派以吴有性等人为代表，主要是研究疫病。温热派以叶桂、吴瑭等人为代表，研究一般性质的温病。两派的医家对温病学的发展作出了很大的贡献。温病学派研究的温病是与伤寒不同的一种外感热病。他们的一些主张与伤寒学派的很多观点相对立，所以受到了伤寒学派的非议。两派均从自己的观点出发，发表对温病的看法，在温病与伤寒的关系等问题上展开了长期的论战。