水是生命之源,水利是农业的命根,随着经济社会的发展,三农问题中的农业起着根本性的作用,对于农业来说,重中之重的是水利,是灌区的建立及其后续的发展,但是因为之前计划时期遗留下来的体制上的缺陷,导致目前我国灌区所存在的问题更加突出。要想改变这种状况,有必要吸收用水户参与灌溉管理是灌溉供水实现良性循环的必要手段。在灌溉管理模式的用水户协会的成立是一种用于灌溉管理系统的末级渠系管理模式改革。本文以黑龙江省龙凤山灌区农民用水合作组织进行研究,这种农民参与式管理组织的内在运行机制,以探究其在运行实际过程中所存在的问题,对龙凤山灌区农民用水合作组织灌溉管理制度的进一步变革提供参考依据。本文重点研究了龙凤山灌区农民用水合作组织运行机制问题。首先对农民用水合作组织进行了界定,把民政部门批准成立注册的龙凤山灌区农民用水合作组织作为本文的研究对象。其次从产权机制、民主管理机制、激励机制、监管机制、决策机制和利益分配机制这几个方面分析了龙凤山灌区农民用水合作组织的发展现状并总结出龙凤山灌区农民用水合作组织在发展过程中存在的问题。重点讨论了龙凤山灌区农民用水合作组织运行机制存在的问题,通过调查问卷的形式对龙凤山灌区农民用水合作组织进行调研,了解运行机制、管理水平等情况,根据实际调研的情况进行研究,存在着渠系产权不明晰、内部治理不健全、对农民用水合作组织有效激励不足、决策权难以贯彻、缺乏有效的内外监督、利益分配不合理等问题,最后根据存在的问题有针对性的对龙凤山灌区农民用水合作组织运行机制的进行完善措施。