中药指纹图谱概念提出后，相关的研究工作也取得了许多的成果。从中药指纹图谱应用的角度来看，中药的真伪辨识以及中药的质量控制，都可以归结为判定目标指纹图谱与待分析的中药指纹图谱之间的相似性问题或差异性问题。许多数学方法和统计学方法，如主成分分析法、相关系数法、夹角余弦法等，都被用于中药指纹图谱之间的相似性的评价中去，以图建立较为有效的相似性评价方法。然而，大量的研究结果表明，这种传统的方法不能获得理想的效果。本研究工作通过“向量的标量平均值法”(r-方法)，把相似性评价问题转化为假设检验问题，通过t检验或贝叶斯检验，可以很好地判定中药指纹图谱之间的相似性。主要研究内容如下： 1．综述了现在普遍使用的中药指纹图谱相似性评价方法--主成分分析法(PCA)，相关系数法，夹角余弦法，Nei系数法等，介绍了“向量的标量平均值”(r-方法)的统计学原理，阐述了r-方法对中药指纹图谱相似性分析研究的意义。 2．优化了川芎、西洋参的高效液相色谱分析方法，建立了西洋参与高丽参的红外光谱分析方法。所选的川芎、西洋参和高丽参来自广州采之林医药连锁店。 药材样品经前处理后，在特定高效液相色谱或红外光谱条件下进行十次重复测定。 3．建立了高效液相色谱和红外光谱的特征指纹向量。对高效液相测定数据，以色谱峰面积构建特征指纹向量；对红外测定数据，以指纹波段范围内峰值分段积分(加和)量构建特征指纹向量。 4．分别用r-方法与传统方法-主成分分析法(PCA)，相关系数法，夹角余弦法，Nei系数法等对同一条件下重复测定的数据进行差异分析，比较由各种方法提供的分析结果的科学性与实用性。结果表明：1)各种方法得分析结果不尽相同；2)对于批次内或批次间的差异分析，r-方法提供了比传统方法更科学与更实用的差异结果判据--t检验与贝叶斯检验。