目的：应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱蛋白质芯(SELDI-TOF-MS)联合激光显微切割(LCM)技术筛选大肠癌及其肝转移标志蛋白，探讨大肠癌特异性标志物，为大肠癌及其肝转移的早期诊断、预后判断和治疗提供帮助。方法：采用LCM技术获取24例大肠癌肝转移患者正常大肠、原发灶及肝转移灶癌细胞；应用SELDI-TOF-MS技术对其行蛋白质谱分析并采用Biomarker Wizard软件分析差异蛋白；通过查询蛋白库对特定分子质量所对应的标记蛋白进行初步确定；选取其中有意义的差异蛋白质S100A11和Raf激酶抑制蛋白(RKIP)分别通过血清ELISA和组织IHC进行验证。结果：比较正常大肠、原发灶及肝转移灶3组细胞间的SELDI质谱图，发现大肠癌原发灶与正常大肠两组间存在15个标志蛋白，12个表达上调，3个表达下调；大肠癌肝转移灶与原发灶两组间存在9个标志蛋白，5个表达上调，4个表达下调。其中质荷比（m/z）为4676.63Da，11740.87Da，21063.59Da和22783.36Da的蛋白峰差异性最为明显(P <0.01)。通过查询ExPasy蛋白库并进行筛选初步确定特定分子质量所对应的蛋白分别是细胞凋亡调节Bax蛋白γ亚型、蛋白质S100A11、Raf激酶抑制蛋白(RKIP)和热休克蛋白27(HSP-27)，其中蛋白质S100A11和HSP-27表达上调，而细胞凋亡调节Bax蛋白γ亚型和RKIP蛋白表达下调，对蛋白质S100A11和Raf激酶抑制蛋白(RKIP)行血清ELISA和组织IHC验证结果与质谱分析一致。结论：SELDI蛋白芯片联合LCM技术有可能筛选出敏感性高、特异性强的大肠癌标志蛋白，检测到的差异蛋白质S100A11和Raf激酶抑制蛋白可能是大肠癌及其肝转移特异性生物标志物。