建国初期，政府对全国的高等院校进行了大规模的院系调整与体制改革。私立大学在这一改革中逐步走向消亡。以上海大同大学为例，政府的改造过程大体上是围绕着大学体制、管理体制、教学体制三个方面进行的。大学体制改革主要是两轮院系调整。在第一轮院系调整中，大同大学的文科专业被停办。在第二轮院系调整中，大同大学被撤消并入其他公立大学。而在调整过程中，基于私立大学自身的处境，教师和学生的态度也发生了变化。在管理体制改革方面，政府更多采取间接的方式，削弱旧的机构的权限，同时建立新的管理机构，扩大组成人员的来源。在教学体制改革方面，政府在废除了大同大学旧的国民党党义课程后，通过多种途径开展思想政治教育，同时进行课程改革，加强专业教育，以培养适应经济建设需要的革命人才。通过这一系列改革，大同大学作为私立大学的特征日益消失，与公立大学的区别也越来越小，最终被纳入到国家计划的高等教育体制当中。