自从2007年《中华人民共和国农民专业合作社法》颁布实施以后，农民专业合作社在农业领域出现良好的发展势头，收入的提高增强了农民的生产热情。在内蒙古自治区，农民专业合作社的发展更加迅猛，数量和规模都不断的扩大，不同的地区逐渐形成了自己特色发展之路。然而在过快的发展过程中，却出现了一系列的问题。合作社数量虽然逐渐增多，但是质量好的却很少。有很大一部分发展不起来，或者经营失败了。本文通过访谈、案例分析和典型调查法，对内蒙古自治区农民专业合作社从成立到发展的全过程进行分析，得出了影响内蒙古农民专业合作社运营情况的六个影响因素：准入门槛、资金问题、经营管理人才、领导的个人素质和合作社背后的营销网络。最后结合国内外农民专业合作社的发展，从农民专业合作社和政府的角度提出了自己的对策和建议。