区域创新系统是由诸多相互作用的元素组成的动态演化系统，其创新主体要素包括政府、企业、高校、科研单位等。区域创新系统结构演进意味着系统内各区域创新部门之间存在动态变化。系统动力学是一门以反馈控制理论为基础，以计算机仿真技术为主要手段，将定性与定量分析相结合的研究复杂系统动态发展行为的一门应用科学，适合应用分析此种动态变化。本论文首先描述了区域创新系统理论发展与江苏省区域创新系统的基本特点，分析结果表明系统动力学方法能够适用于区域创新系统分析。随后论文分析了江苏省区域创新系统因果反馈的模式，解释了江苏省区域创新系统推动产业发展的机制。随后，论文又分析了政府指导政策对江苏区域创新系统的影响，为政策优化奠定了理论基础。在上述定性分析的基础上，本论文结合系统动力学研究方法，分析了区域创新系统与高新技术产业之间的相互作用，并做出因果关系图。在若干假设条件下，选定变量并确定了一种简单的模型，构建了不同政府指导模式的模型。随后借助系统动力学仿真软件Vensim对模型进行了仿真。在研究中，本论文将区域创新系统演进仿真模型应用于分析江苏高新技术产业发展模式，指出了江苏创新模式的优势。通过对影响区域创新系统的若干因素分析发现，江苏当前的产学研模式极大的促进了高新技术产业发展。最后，本文设定了一系列调整政府政策模拟方案。通过对比各个模拟方案的运行结果比较，本文最后给出了政府的政策评价。如果缺乏对高校和科研机构的支持，就会使得产业不能够有效利用创新资本，产生了短期的繁荣，长期的无力的现象。因此，省政府应该以产学研为核心，研发和购买共用性关键技术为手段，实现创新绩效的进一步提升。模型仿真结果表明，模型不仅具有仿真功能，而且具有“政策实验室”的功能，对政府决策具有一定的实用价值。