自由贸易协定(Free Trade Agreement,简称FTA)是两国或多国间具有法律约束力的契约,目的在于促进经济一体化。在大多数FTA中,均存在专门章节的知识产权保护规定,其内容除了包括知识产权保护客体、权利人权利及侵权救济方式等之外,将知识产权执法的边境措施同样赋予重要地位。知识产权边境措施制度的最低标准,应当遵循TRIPS协议(即《与贸易有关的知识产权协定》)中41条以及51—60条的规定。同时由于欧美国家的不断呼吁以及在立法及执法实践中不断提高标准要求,国际上众多具有影响力的FTA,如TPP/CPTPP等协定中均出现了大量高于TRIPS标准的TRIPS-Plus条款。在我国目前所签订的自贸协定中,该部分内容在中国—瑞士、中国—韩国、中国—澳大利亚、中国—秘鲁、中国—哥斯达黎加FTA中均有所体现,并在部分条款中体现出高于TRIPS协议要求的TRIPS-Plus标准,体现出其已受到TRIPS—Plus趋势深刻影响。本文基于FTA协定文本进行研究,通过对边境措施所适用的程序环节、所适用的货物范围、执法启动标准等方面特征比较分析,参照ACTA等国际标准进行对比,并结合相关案例,揭示该TRIPS—Plus发展趋势将主要带来至少三方面负面影响及挑战:(1)因阻碍通用药品流动导致公共健康危机;(2)因滥用边境查封扣押程序阻碍商品正常流通;(3)因发达国家利用规则制定优势产生针对发展中国家歧视性执法。最后为我国未来在FTA中制定知识产权边境措施条款提出建议,即在边境执法客体、环节、边境措施启动规则领域注意:(1)有限度将边境措施适用过境环节;(2)适度扩大边境措施保护客体范围;(3)提供至少“初步证据”启动边境执法。在我国构建FTA知识产权体系方面建议:(1)构建相对统一的FTA知识产权规则范本;(2)通过多方面渠道推广我国知识产权规则体系。