【摘 要】
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茶起源于中国西南地区。作为茶树起源中心之一,贵州位于长江和珠江流域上游,以苗岭山脉作为分界线,苗岭以南为珠江流域（PR Pearl River Basin）、苗岭以北为长江流域（YR Yangtze River Basin）。为保护长江、珠江流域中下游地区的生态环境,贵州保持较慢的经济发展和土地利用速度,尚未发生大规模的茶树种质资源毁灭。贵州栽培茶树历史悠久、生态环境适宜茶树生长,加之茶树自交不亲
【基金项目】
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贵州省自然科学基金重点项目,黔科合基础[2019]1404； 国家自然科学基金,32060700； 贵州省教育厅自然科学基金重点领域项目,黔教合KY[2021]042；
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茶起源于中国西南地区。作为茶树起源中心之一,贵州位于长江和珠江流域上游,以苗岭山脉作为分界线,苗岭以南为珠江流域（PR Pearl River Basin）、苗岭以北为长江流域（YR Yangtze River Basin）。为保护长江、珠江流域中下游地区的生态环境,贵州保持较慢的经济发展和土地利用速度,尚未发生大规模的茶树种质资源毁灭。贵州栽培茶树历史悠久、生态环境适宜茶树生长,加之茶树自交不亲和特性,形成了大量的遗传多样性丰富的栽培型茶树种质资源。这些种质资源是开展茶树基因组学研究、良种选育以及品种改良的宝贵物质基础。然而,关于这些茶树群体的遗传多样性、群体结构、以及地理分布特征尚未清楚。因此,本研究以253份贵州栽培型地方茶树种质资源为材料,采用简化基因组测序技术（GBS）对其展开群体结构分析、主成分分析、系统进化树分析、遗传多样分析、连锁不平衡分析、核心种质构建和全基因组关联分析,以期为贵州栽培型地方茶树种质资源的保护、利用等工作提供依据,研究结果如下:（1）珠江流域栽培型地方茶树群体遗传多样性显著高于长江流域栽培型地方茶树群体遗传多样性。在珠江流域四个水系中,红水河水系（WS02）茶树群体的遗传多样性最高,南盘江水系（WS04）茶树群体遗传多样性最低;长江流域三个水系中,乌江水系（WS06）茶树群体的遗传多样性最高。（2）253份材料可划分为3个纯组（CG-1、CG-2和CG-3）和1个混合组（CG-4）。其中CG-1为现代地方品种群,CG-2为珠江流域古代地方品种群,CG-3为长江流域古代地方品种群,CG-4为古代枢纽进化群。主成分分析、系统进化树与群体结构相互佐证,证实了群体结构分析的准确性,连锁不平衡分析结果显示:四个推断群体连锁不平衡（LD）衰减速度由慢到快依次为:CG-1、CG-4、CG-2、CG-3。（3）四个群体的遗传多样性由高到低依次为CG-3、CG-2、CG-4、CG-1。在CG-1与CG-2、CG-1与CG-3、CG-2与CG-3群体间存在中等遗传分化。在CG-2与CG-4和CG-3与CG-4中检测到了较高的基因流（Nm）,在CG-2与CG-3检测到最低的Nm。（4）构建的Primary set和Core set两个群体分别包含了来自两大流域、7个水系以及两种栽培状态下的材料,Primary set保留初始群体绝大部分遗传多样性并剔除了部分冗余样本,对今后研究如全基因组关联分析具有重要意义。Core set在保留大部分遗传多样性的条件下,保留了较少的样本数量,更有利于材料的田间管理、品种改良亲本选择。（5）共关联到与5个气孔表型性状相关的SNP位点45个,在45个SNPs上下游50kb范围内,共检测到20个基因,其中与气孔长度（SL）相关基因6个、与气孔宽度（SW）相关基因1个、与气孔面积（SA）相关基因7个、与气孔密度（SD）相关的基因2个、与气孔周长（SP）相关的基因4个。
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