目的：筛选胃癌和癌旁正常胃组织间DNA甲基化差异片段并进行相关生物信息学分析。 方法：应用甲基化敏感性代表性差异分析法(methylation-sensitive-representational difference analysis，MS-RDA)筛选胃癌组织与癌旁正常胃粘膜组织(＞5cm)间DNA甲基化差异片段，将差异片段切胶回收后，连接pGEM-T载体，转化JM109感受态JM109大肠杆菌经LB固体培养基培养，蓝白筛选挑取阳性克隆，经PCR鉴定为目的片后，进行DNA测序，将测序结果进行人类染色体定位分析及BLASTN分析。 结果：获得3个甲基化差异片段，其中正交1条，反交2条，分别为CRS1308、CRS1309和CRS1310序列。CRS1309和CRS1310序列己被GenBank收录，登陆号分别为AY887106和AY887107，其中CRS1309序列与LOC440683基因第11外显子、LOC440887基因的3’端、DRD5基因启动子及外显子区域均有很高的相似性(分别为98％，99％，94％)；CRS1310序列与1999年Minom Toyota在人类结肠癌中分离出的核糖体RNA上的甲基化差异性CpG岛有很高的相似性(98％)。 结论：胃癌和癌旁正常胃组织间DNA甲基化程度存在差异，与CRS1309序列高度相似的LOC440683、LOE440887、DRD5基因的异常甲基化可能与胃癌的发生相关。MS-RDA能有效分离胃癌和癌旁正常胃组织间的甲基化差异片段，是筛选新的候选抑癌基因的一种较好的方法。