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黄化茶树作为一类珍稀的茶树叶色突变体,主要表现出特异的新梢芽叶色泽以及高水平的氨基酸含量,具有很高的经济价值。茶树叶色性状及游离氨基酸含量性状均属数量性状,遗传机制较为复杂,通过构建遗传图谱,对黄化相关性状进行数量性状位点（Quantitative trait loci,QTL）定位,对丰富黄化茶树品种遗传理论研究,加快黄化、白化茶树新品种选育均有重要意义。本研究以叶色黄化品种‘白鸡冠’为父本,正常叶色品种‘龙井43’为母本构建茶树F1分离群体,采用简化基因组测序（Genotyping-by-sequencing,GBS）技术,结合‘拟测交’策略构建茶树高密度遗传图谱,连续两年测定F1群体的新梢色素物质及游离氨基酸组分含量,进而结合遗传图谱对叶绿素、类胡萝卜素及游离氨基酸组分等性状进行QTL定位,主要研究结果如下:1.利用简化基因组测序技术对亲本及166个子代单株进行测序,共获得8亿左右的reads。经聚类分析后获得165.6万个单核苷酸多态性（Single nucleotide polymorphisms,SNP）标记,其中具有多态性的标记数目为590,259个,占总数的35.6%;进一步对获得的多态性标记进行筛选,过滤父母本信息缺失、完整度过低及严重偏分离的多态性标签,最终获得30,971个有效的SNP位点进入连锁性分析。最后采用‘拟测交’策略构建茶树遗传图谱,图谱共包含15个连锁群,与茶树染色体数一致,上图标记2688个,总遗传距离为1846.32c M,平均图距为0.69c M,连锁群长度范围在93.41c M-171.28c M之间。2.连续两年春秋两季对120个F1群体单株及作图亲本的叶绿素、类胡萝卜素等色素物质含量进行测定,结果表明亲本间差异显著,F1群体单株整体色素组分含量较为接近,春季色素含量总体水平略低于秋季水平,整个群体内色素含量变异系数较大,在31%-79%之间。检测到的色素性状均呈现出连续变异特点,且部分单株表现出超亲现象。结合已构建的高密度遗传图谱,采用复合区间作图法（Composite interval mapping,CIM）对叶绿素、类胡萝卜素等2个性状进行QTL作图,共定位到10个QTL,分布于LG03、LG04、LG06、LG11等4个连锁群上,能解释的表型贡献率在18.2%-72%,均为主效QTL。其中Chl与Car分别在LG03连锁群0.18cM-15.49c M区间内定位到一个QTL,峰值位点相同,推测可能是同一QTL。3.对游离氨基酸组分含量测定以THN、Asp、Glu、Gln、Arg和AA等六种氨基酸为主,秋季游离氨基酸含量显著低于春季水平,各游离氨基酸组分均呈现出近似正态分布,适合进行QTL定位分析。对2017年色素与游离氨基酸含量的相关性分析表明,所有检测性状两两之间均表现出极显著的相关性（ρ<0.01）,其中色素含量与游离氨基酸组分含量表现出极显著负相关（ρ<0.01,r<0）。对游离氨基酸的QTL定位结果显示,6个性状共定位到25个QTL,分布在9个连锁群上（LG01、LG03、LG04、LG06、LG08、LG11、LG13、LG14、LG15）。游离氨基酸组分定位结果虽较为分散,但均能在LG03连锁群的0.18cM-15.49cM区间内定位到一个相同QTL,重复性较好;这与Chl和Car定位的基本结果一致。