经历了上世纪末拉开帷幕的近10年迅速扩张之后,中国的高等教育在学人数增长水平重新控制到10%以内。作为高等教育事业重要物质基础的财政性经费在新的环境下也应当有所调整。财政性经费在政府主导下实现自身的运行,而政府为保证其正常运行,建立相应的运行机制,因此,对财政性经费的调整须要从其运行机制入手。通过查阅国内的相关文献资料,以及美国、英国、日本、印度、巴西5国高等教育财政性经费现行运行体制,笔者对高等教育事业性经费的运行有了不同于传统的认识。笔者认为目前仅对其作投入层面的探讨不够全面,从而提出了分别由筹措、分配以及监管三个次级机制构成的高等教育财政性经费运行机制这一概念。随后,笔者沿着这三个相互独立又相互影响的维度,对1998-2007年10年间的高等教育财政性经费统计数据做了较为全面的梳理分析,探索中国现行高等教育财政性经费运行的三个次级机制各自是如何由于自身的不完善而造成的经费运行中所产生的一些实际问题。基于此,笔者进一步阐述了针对高等教育财政性经费未来的改革不能只局限于数量上的扩充,还必须加强对经费结构调控和各执行环节监管的重视。笔者根据对这些实际问题的成因分析以及未来改革方向的认识,又参照了其它国家在财政性经费运行机制上的经验,于本研究的最后一部分针对中国的现行机制提出了若干对策和建议。本研究提出的对策和建议较为宏观和粗放,但确是跨越高等教育高速扩招阶段的较有实效性和全局性的研究,也为高等教育财政性经费运行水平的进一步提高提供了一定的参考。