随着创新驱动发展战略持续作用于省市区的发展,提升区域创新能力是各地区创造出自身竞争优势的决定性因素。近年来,我国为了加快各地区的创新步伐,纷纷在人力、财力和税收等方面制定出更多政策去鼓励本区域创新。经过多年的发展,我国的科技创新能力逐步提高,在部分领域处于世界领先地位,但同时我国仍存在加大多类政策投入的同时,产出并未同步增长等问题,面对复杂的创新系统,如何提高政策投入的有效性?如何针对不同的创新系统选择恰当的、具有不同功能的政策工具或政策组合来实现政策效应最大化?这对于政府识别各类政策的作用效果差异进而选择和设计合适的政策具有重要意义。已有文献揭示了不同政策工具与产业、企业等方面的创新以及创新系统的内在联系及作用规律,遗憾的是,现有文献多是分析单一政策工具对创新（多用单一指标来衡量）的作用,忽略了创新系统内部的复杂性和开放性以及不同的政策工具及其组合影响差异由此引发的不同影响效应,不够全面精确客观的细分创新系统和缺失其他政策干预来测度的结论不足以令人信服。因此,本文基于创新系统的复杂性和政策组合的干预性,选取了2006—2019年中国大陆30个省（市、区）的面板数据,在采用熵值法综合测算各创新系统发展水平的基础上,运用面板随机前沿模型实证分析人才支持政策、科技投入政策和税收政策以及两两、三三不同政策组合对全国整体及四大区域创新系统的影响差异。结果发现:第一,2006—2019年我国各省份及四大区域的不同创新系统发展水平的均值皆呈现出逐步上升的态势,且表现出不同地域的不平衡特征。第二,人才支持政策和科技投入政策有利于知识创新子系统和区域创新整体系统发展水平的提高,且科技投入政策作用效果更明显;可能是由于创新主体和政府博弈的作用,使得税收政策对各创新系统的影响并不显著。第三,人才支持政策和科技投入政策组合对各创新系统均具有抑制作用,且在功能上呈现竞争关系;人才支持政策和税收政策组合、科技投入政策和税收政策组合对各创新系统均具有正向激励作用,且在作用上可以互相调节和补充;且单一、两两和三三政策组合对不同的创新系统存在明显的政策效应差异。第四,不同政策工具及其组合对四大区域的影响效果有明显差异,但单一政策和政策两两组合更能刺激西部地区的创新发展水平,而政策三三组合更能促进东部地区的创新发展水平。