经济的飞速发展,在提升人们生活质量的同时,也带来了生活环境的恶化与巨大的竞争压力。外在环境和内部压力的双重影响,使得人们越来越关注健康问题,我国医药品市场也随之不断扩大。但与不断扩大的医药品市场相对的,是医药品市场落后的创新能力,与泛滥的仿制药品。在这种情况下,准确、合理地对医药制造业的创新效率做出评价,并探究影响创新效率的因素,是针对性采取相应措施从而改善创新效率的基础,对该行业健康、稳定地发展至关重要。论文首先从创新投入、创新成果、经济效益三个角度对该行业的创新现状进行了分析。在此基础上,论文首先基于2014-2016年的数据,采用由BCC模型发展而来的关联两阶段DEA模型,从阶段性和区域性两个角度,对医药制造业创新效率进行了系统评价。此外,论文进一步以2011-2016年27省创新效率测算结果为因变量,建立计量模型,采用Tobit回归方法探究了两阶段中,影响创新效率的因素。分析结果表明:该行业整体创新效率不高,并且四大区域之间存在明显差异,由西部、东北部、中部、东部依次递减。同一区域内各省份在创新效率上也存在较大差异,东部各省整体创新效率处于较低水平,东北部和中部各省份创新效率呈现两极分化,西部各省技术创新效率呈现梯形分布。但导致同一区域内各省份创新效率较低原因存在相似性,东部、中部、西部大多数省份受第二阶段影响较强,东北部所有省份受第一阶段影响较强。第一阶段当中,企业规模和政府参与能够对创新效率产生显著影响,并且两者都与创新效率呈现负相关。第二阶段当中,地区发展水平和外贸依存度能对创新效率产生显著影响,其中,前者与其呈现正相关,后者呈现负相关。最后,论文基于分析结论提出了相应的政策建议,以期提升医药制造业的创新效率,促进该行业健康、稳健地发展。