志贺菌引起痢疾是世界上尤其是发展中国家重要的传染病之一，福氏与宋内氏志贺菌分别是发展中国家和发达国家的优势菌，本研究运用鸟枪测序（shotgun）方法国际上首次完成了宋内氏志贺菌（Shigella sonnei）Ss046菌株的全基因组测序，并在此基础上对基因组进行了注释并作了初步的基因组分析。它的全基因组的解析将会为志贺菌的研究提供更加丰富的资料，也会为临床治疗、新药物的研制与开发提供有利的支持。 1）、Ss046菌染色体基因组全长4，825，265bp，为一环状结构。共有4434个ORFs，其中基因编码序列（CDS）4224个，占总ORFs的80.5％，与大肠杆菌K－12菌株MG1655（87.3％）相比其基因密度较低，与福氏志贺菌sf301菌株（80.4％）基因密度类似。CDS中3238个与数据库中已知基因或产物具有95％以上的同源性，功能明确；343个为功能不明确的推测ORFs。预测基因中假基因为210个，占总CDS的4.97％，这些假基因由插入、读码框改变、终止突变、序列短截以及上述几种情况组合共同所致。这些假基因原先正常功能主要涉及生长代谢、菌体结构、转录调控、物质转运等方面。 2）、整个染色体基因组G＋C含量为51.01％，与K－12 MG1655（50.79％）及Sf301（50.89％）相比无显著差别。核糖体RNA（16S／23S／5S）组成为7／7／8，与K－12及sf301相同。共有20种不同类型的tRNA，但氨基酸编码子有明显的偏爱性。 3）、染色体基因组中IS序列共计396409bp，占整个基因组约8％，共计394个，其中完整的IS为327个，部分IS为67个。共有15种不同类型的IS在基因组中出现，IS1为优势类型，其次为IS600，其中完整的IS21和IS630在志贺菌中首次报道。整个基因组中缺失及插入序列与MG1655相比分别为518bp，490bp，基因组结构与MG1655相比，共有易位、倒置为11处，这主要是由于IS介导的基因重排所导致。 4）、对编码的ORFs按照COGs库进行分类，划分为25个组，其中23个为功能组。发 现其存在着基本代谢途径以及完善的复制、修复、转录和翻译系统。 5）、染色体基因组中有64个与铁元素代谢密切相关基因，存在完善的铁转运系统。同时也发现存在致病岛SHI-2岛。 6）、在染色体基因组中与侵袭性相关的基因主要有ipaH基因，分别为ipaH1、ipaH2、ipaH3、ipaH4、ipaH5等五个完整拷贝。与Sf301基因组中ipaH基因相比，有很高同源性。此外，也包括emrR、yjeG、ompX、ompF、ompA、ompC、ompR、envZ、envY、envR、cpxA、cpxR、stpA等外膜相关蛋白及磷酸激酶蛋白基因，其中OmpR／EnvZ组分调节系统是志贺菌毒力表型的主要调控因子之一。 7）、Ss046菌毒力大质粒pSS-046全长214396 bp，为环状结构，共有241个ORFs，包括毒力及毒力相关基因，0抗原基因簇，复制与保持基因和许多IS元件，其中有117为IS元件或转座酶，57个与致病相关，30个与复制、保持以及其它DNA代谢相关，另外还有未知功能的为38个（15.76％），其中36个与假定蛋白类似，只有两个没有在数据库中找到同源蛋白。与别的志贺菌毒力大质粒不同的是，编码0抗原基因簇的10个ORFs被发现存在于质粒上；一个全新的毒素—解毒剂系统stbDE存在于质粒复制区的下游，该毒力大质粒具有从不同来源的基因组成的镶嵌式特征，提示存在IS介导的重组以及获得外源DNA的历史。 本株全基因组的完成将为全面研究志贺菌的遗传与进化、致病机理、与宿主之间的关系提供详细的基础资料，同时也为床治疗、药物的筛选提供直接的理论指导。