自然环境是人类赖以生产生活的物质基础，但是一直以来片面的追求经济利益，忽视了对环境的保护，环境污染问题严重。目前，环境条件的不断恶化越来越受到人类的重视，可持续发展的理念在全世界范围内得到认可，可持续发展观要求经济、环境、社会协调共同发展，作为微观经济主体的企业，不仅是资源的主要消耗者，还是污染物的主要生产者，应该承担起相应的环境责任，在追求经济业绩的同时提高其环境业绩。环境管理系统是企业管理控制系统的重要组成部分，是企业进行环境管理的工具。通过建立环境管理系统，可以帮助企业将环境纳入到管理决策当中，完成其环境目标。我国目前处于工业化和城市化的重要阶段，环境问题严重，生产中存在资源利用率低、污染严重等问题，某些企业虽然建立了环境管理体系，但是没有真正将环境目标转为内部经营管理目标，环境管理体系流于形式。本文首先对目前世界上应用比较广泛的三种环境管理系统ISO14001、IEMS、EMAS进行了介绍，并通过比较分析，发现随着环境管理体系的不断发展，其计量工具从无到有，并不断进步。本文全面比较了全成本法和物量流成本法，通过案例说明物量流成本法对环境管理系统实施的促进作用。最后，结合物量流成本法在日本的成功经验，针对我国企业建立环境管理系统中存在的问题提出了对策建议。