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小黄花茶(Camellia luteoflora Li ex H. T. Chang)，为多年生常绿木本植物，隶属于山茶科(Theaceae)山茶属(Camellia)小黄花茶组(Sect. Luteoflora)，为我国特有珍稀濒危植物，主要分布于贵州赤水金沙沟、四洞沟的狭窄区域及四川古蔺县桂花镇。近年来，随着小黄花茶居群周边竹类的无性繁殖扩张和原始生境的破碎化，居群规模及个体数量呈急剧变小和减少趋势，物种生存岌岌可危。开展这一中国特有珍稀物种的调查、评估和保护工作成为当务之急。本研究以小黄花茶现存野生天然居群为基础，进行分布地的踏查、寻访，新发现两处小黄花茶分布点，基本覆盖了小黄花茶的所有分布地。以贵州、四川10个小黄花茶居群作为研究对象，结合形态学、生态学、遗传学等研究方法，对小黄花茶表型性状变异、遗传多样性及其与环境因子的相关性进行研究，主要包括表型形态变异、ISSR分子标记的群体遗传变异、表型和遗传多样性与环境因子的关系等内容，以期为小黄花茶种质资源的有效保护及合理利用提供理论依据。研究结果如下：
(1)从形态学角度对小黄花茶叶部、花部等18个表型性状进行系统分析，其表型性状中除外轮雄蕊花丝管径、雄蕊长、附萼数以外，其余15个性状在居群间均存在显著或极显著差异。小黄花茶各性状变异范围为1.65%-37.04%，平均变异系数(CV)为10.22%，营养器官变异均值12.08%>繁殖器官8.74%。居群间表型分化系数(Vst)均值为33.78%，居群内变异Vst为66.22%，表明居群内变异是表型变异主要来源。主成分分析显示叶宽、叶面积、叶柄长、叶长、叶周长对居群变异起主要贡献作用；表型多数性状之间存在显著或极显著相关关系；聚类分析可将10个小黄花茶居群聚为两大类，聚类结果趋向于生境相似性较高的聚为一支，如聚为一支的下河沟、观音岩、瓦店子三个居群均分布于海拔较低的沟谷。
(2)ISSR标记分析结果表明，13条ISSR引物共扩增出107个位点，其中多态性位点97个，多态性条带百分率(P)为90.65%，观测等位基因数(Na)为1.6204、有效等位基因数(Ne)为1.4164、Nei’s多样性指数(H)为0.2353、Shannon’s信息指数(I)为0.3460。10个居群小黄花茶遗传多样性信息含量较丰富，H值的变化范围在0.1847~0.2726，I值在0.2719~0.4036之间。总的来说，赤水丙安镇瓦店子居群和闷头溪陈田居群的遗传多样性最高，石膏岩居群遗传多样性水平最低。小黄花茶总的基因多样性(Ht)为0.3170，居群内基因多样性(Hs)为0.2353，基因分化系数(Gst)为0.2538，说明有25.38%的遗传变异存在于居群间，有74.62%的遗传变异来源于居群内，这与表型分化研究结果一致。居群间基因流(Nm)为1.5623，表明不同地区小黄花茶居群间基因交流较少，居群间基因分化水平较低。10个居群的遗传一致度系数在0.8331~0.9329之间，遗传距离介于0.0703~0.1906，说明各居群的相似程度较高。基于遗传距离聚类分析将四川、贵州的居群区分开，呈一定的地区隔离分布；88个个体单独聚类结果并未严格按照地理分布聚类，同一居群内的个体趋于其中几个聚在一起，表明居群内个体可能存在小斑块岛屿状分布，居群间个体可能存在一定的基因流动。
(3)利用筛选出的13条引物对小黄花茶与收集到的部分山茶科植物，共计26份材料进行ISSR标记扩增，构建聚类图进行遗传相似性分析，结果表明小黄花茶与实果茶组的毛果猴子木和金花茶组植物距离较近。
(4)通过对小黄花茶居群生境11个环境因子与表型和遗传多样性的相关性分析表明，纬度、坡度、干扰强度、土壤速效磷、土壤速效钾与部分表型性状有显著或极显著相关性，这5个因子的差异是形成小黄花茶表型性状多样性的原因之一。坡度与有效等位基因数(Ne)呈显著负相关，其余大多数环境因子与遗传多样性参数之间呈负相关，但无显著性差异。
(5)小黄花茶濒危原因主要存在以下两方面：外因上看，毛竹入侵与生境破碎化导致居群适生范围退缩，人为干扰等原因导致居群逐渐衰退成斑块状分布；内因上看，居群间基因交流受阻，导致居群间基因分化水平较低，降低了居群的进化潜力。针对当前情况，结合以上研究结果，建议采取以下保护策略：1)对经受病虫害及长势衰弱的小黄花茶进行调查研究，找出原因进行适当修剪和治疗；2)对受毛竹影响较大的居群，进行适当清理，促进小黄花茶的更新；3)对于表型和遗传变异较丰富的居群(如瓦店子居群、陈田居群)，要注意收集和保存种质资源，还可将其作为优先重点保护居群。4)对小黄花茶种质资源进行定期普查，对其生长情况、保护现状进行监测。
(1)从形态学角度对小黄花茶叶部、花部等18个表型性状进行系统分析，其表型性状中除外轮雄蕊花丝管径、雄蕊长、附萼数以外，其余15个性状在居群间均存在显著或极显著差异。小黄花茶各性状变异范围为1.65%-37.04%，平均变异系数(CV)为10.22%，营养器官变异均值12.08%>繁殖器官8.74%。居群间表型分化系数(Vst)均值为33.78%，居群内变异Vst为66.22%，表明居群内变异是表型变异主要来源。主成分分析显示叶宽、叶面积、叶柄长、叶长、叶周长对居群变异起主要贡献作用；表型多数性状之间存在显著或极显著相关关系；聚类分析可将10个小黄花茶居群聚为两大类，聚类结果趋向于生境相似性较高的聚为一支，如聚为一支的下河沟、观音岩、瓦店子三个居群均分布于海拔较低的沟谷。
(2)ISSR标记分析结果表明，13条ISSR引物共扩增出107个位点，其中多态性位点97个，多态性条带百分率(P)为90.65%，观测等位基因数(Na)为1.6204、有效等位基因数(Ne)为1.4164、Nei’s多样性指数(H)为0.2353、Shannon’s信息指数(I)为0.3460。10个居群小黄花茶遗传多样性信息含量较丰富，H值的变化范围在0.1847~0.2726，I值在0.2719~0.4036之间。总的来说，赤水丙安镇瓦店子居群和闷头溪陈田居群的遗传多样性最高，石膏岩居群遗传多样性水平最低。小黄花茶总的基因多样性(Ht)为0.3170，居群内基因多样性(Hs)为0.2353，基因分化系数(Gst)为0.2538，说明有25.38%的遗传变异存在于居群间，有74.62%的遗传变异来源于居群内，这与表型分化研究结果一致。居群间基因流(Nm)为1.5623，表明不同地区小黄花茶居群间基因交流较少，居群间基因分化水平较低。10个居群的遗传一致度系数在0.8331~0.9329之间，遗传距离介于0.0703~0.1906，说明各居群的相似程度较高。基于遗传距离聚类分析将四川、贵州的居群区分开，呈一定的地区隔离分布；88个个体单独聚类结果并未严格按照地理分布聚类，同一居群内的个体趋于其中几个聚在一起，表明居群内个体可能存在小斑块岛屿状分布，居群间个体可能存在一定的基因流动。
(3)利用筛选出的13条引物对小黄花茶与收集到的部分山茶科植物，共计26份材料进行ISSR标记扩增，构建聚类图进行遗传相似性分析，结果表明小黄花茶与实果茶组的毛果猴子木和金花茶组植物距离较近。
(4)通过对小黄花茶居群生境11个环境因子与表型和遗传多样性的相关性分析表明，纬度、坡度、干扰强度、土壤速效磷、土壤速效钾与部分表型性状有显著或极显著相关性，这5个因子的差异是形成小黄花茶表型性状多样性的原因之一。坡度与有效等位基因数(Ne)呈显著负相关，其余大多数环境因子与遗传多样性参数之间呈负相关，但无显著性差异。
(5)小黄花茶濒危原因主要存在以下两方面：外因上看，毛竹入侵与生境破碎化导致居群适生范围退缩，人为干扰等原因导致居群逐渐衰退成斑块状分布；内因上看，居群间基因交流受阻，导致居群间基因分化水平较低，降低了居群的进化潜力。针对当前情况，结合以上研究结果，建议采取以下保护策略：1)对经受病虫害及长势衰弱的小黄花茶进行调查研究，找出原因进行适当修剪和治疗；2)对受毛竹影响较大的居群，进行适当清理，促进小黄花茶的更新；3)对于表型和遗传变异较丰富的居群(如瓦店子居群、陈田居群)，要注意收集和保存种质资源，还可将其作为优先重点保护居群。4)对小黄花茶种质资源进行定期普查，对其生长情况、保护现状进行监测。