在结构动力时程分析时，地震波的输入是影响结构响应的一个首先要考虑的因素也是一个至关重要的因素。但是现在工程界在时程分析地震波输入时，无论什么样的建筑结构、什么场地类别，工程师都选用ELcentro波、Taft波、兰州波等经典波，导致计算结果千差万变，有时会有几倍甚至几十倍的差别。目前为止，我国学者对于时程分析地震波输入研究已经做了大量的研究，规范对于弹性时程分析也有了系统的方法指导与限制要求。基于两频段选波方法已经得到了学术界的认可，但只限于弹性阶段，对于弹塑性阶段，两频率段选波方法并没有得到验证。本文基于两频率段选波方法对51条天然地震波与设计反应谱进行拟合，筛选出与设计反应谱拟合较好的6条实际地震波。应用ETABS有限元分析软件，对建筑结构进行弹性分析，对比时程分析与振型分解反应谱法的计算结果。两种计算方法得出的底部剪力、层间剪力及层间位移角单条波离差不超过35%，平均值不超过10%。验证了在弹性时程分析时，两频率段选出的天然波较为合理。而且，与设计反应谱拟合的越好，与振型分解反应谱法得出的弹性结果的离差越小。应用SAP2000软件，对建筑结构进行弹塑性时程分析，输入不同的天然地震波得出的计算结果相差很大，尤其是进入塑性区的构件。对6条天然地震波的傅立叶振幅谱进行对比分析，得出产生这种现象的原因。故本文提出在结构弹塑性分析时，在两频率段选波的基础上，应考虑傅立叶振幅谱不同产生的影响。