miR-146a-5p在结直肠癌肝转移患者血浆外泌体中的表达及其对结直肠癌细胞功能的影响

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目的:通过微阵列芯片分析原发性结直肠癌(primary colorectal cancer,p CRC)患者与结直肠癌肝转移(Colorectal cancer liver metastasis,CRLM)患者血浆外泌体中差异表达的小核糖核酸(mirco RNA,miRNA),结合肿瘤基因组图谱(The cancer genome atlas,TCGA)数据库样本信息,筛选候选miRNA,使用q PCR技术检测其在样本中表达水平,分析其成为监测结直肠癌肝转移标志物的潜力,并通过构建细胞模型,进行体外实验,初步探究候选miRNA对结直肠癌细胞株系的生物学功能的影响。方法:(1)利用Agilent微阵列技术,以差异倍数(Fold change,FC)>1,差异显著性(P-value,P)<0.05为标准,构建6例原发性CRC患者和6例CRLM患者血浆外泌体miRNA差异表达谱;使用TCGA数据库中包含590个样本的样本集,其中包括原发样本500个和远处转移(m CRC)样本90个,以P<0.05和|log2FC|>0.3为临界值,筛选满足条件的前20个miRNA构成数据集,并通过LASSO Logistic回归分析模型对上述20个miRNA再次筛选,得到对区分是否发生转移有最佳效果的miRNA集合;将上述两个数据集取交集,结合回归分析结果,筛选出合适的候选miRNA,通过数据库分析候选的miRNA靶基因,对靶基因进行GO/KEGG分析。(2)采用试剂盒提取血浆外泌体和血浆外泌体总RNA,通过透射式电子显微镜(TEM)、纳米粒子追踪分析(NTA)和Western blot(WB)对外泌体进行鉴定,并对RNA进行逆转录;使用实时荧光定量PCR(q RT-PCR),进一步在30对p CRC患者和CRLM患者血浆外泌体中检测miR-146a-5p表达情况,同时提取患者血浆总RNA并进行逆转录、q PCR,检测血浆miR-146a-5p表达情况;对血浆及血浆外泌体miR-146a-5p之间关系进行分析,并对其诊断效能进行分析。(3)使用miR-146a-5p相似物及空白对照(Negative control,NC)转染转移性结直肠癌细胞LoVo细胞及原发性结直肠癌细胞HCT116细胞,建立miR-146a-5p过表达的细胞模型,使用q RT-PCR检测转染后不同分组细胞miR-146a-5p表达水平,验证转染效率。通过细胞增殖实验、细胞凋亡实验及细胞侵袭、迁移实验,验证miR-146a-5p对结直肠癌细胞增殖、迁移、侵袭及凋亡等生物学功能影响。结果:(1)经过外泌体鉴定后,对构建的外泌体miRNA基因芯片进行分析,在符合条件的miRNA中,与CRC患者相比,CRLM患者中有13个miRNAs表达上调,99个miRNAs表达下调,得到包含了112个miRNA的数据集;来源于TCGA的组织miRNA数据,去除在>10%的CRC样本中未表达的miRNA后,筛选出在CRC样本和m CRC样本中表达差异符合条件的20个miRNA数据集,通过LASSO Logistic回归分析再次进行筛选,得到8个对CRC和m CRC具有最佳分组效果的miRNA;将筛选得到的8个miRNA与前述包含112个miRNA的数据集求交集,得到三个候选的miRNA,包括在转移中表达下调的miR-146a-5p、miR-625-3p,表达上调的miR-200-5p。对三个候选miRNA进行靶基因分析,共有2722个靶基因;对靶基因进行GO/KEGG通路分析的结果显示,候选miRNA靶基因富集在癌症相关通路。(2)外泌体检测结果:TEM检测显示囊泡呈圆形、椭圆形的双层膜样结构,纳米粒子追踪分析提示所提取细胞外囊泡直径约30-150nm之间,Western blot结果表明囊泡表面标志蛋白CD63、CD9、TSG101呈阳性,符合外泌体特征;q RT-PCR结果显示,在与CRC样本相比,CRLM样本血浆、血浆外泌体中miR-146a-5p表达均降低,与芯片结果一致。通过相关性分析,血浆外泌体miR-146a-5p与血浆miR-146a-5p表达水平之间不存在相关性(R=-0.054,P=0.72);使用ROC曲线进行诊断效能分析,血浆外泌体miR-146a-5p(AUC=0.588,P<0.01)对CRLM诊断效能优于血浆miR-146a-5p(AUC=0.588,P<0.01)。(3)通过q PCR鉴定,过表达组中miR-146a-5p表达水平较NC组升高,说明细胞转染成功,可以进行下一步研究。CCK8实验表明,miR-146a-5p过表达组的增殖能力较对照组减弱;划痕实验表明,miR-146a-5p过表达组较对照组迁移能力降低;Annexin V-FITC/PI荧光双染法检测细胞凋亡率,过表达组早期凋亡率较对照组上升;Transwell侵袭实验结果显示miR-146a-5p过表达组较对照组侵袭能力降低。结论:(1)通过对血浆外泌体芯片进行分析,结合组织芯片验证,在结直肠癌原发与结直肠癌转移患者间存在多个表达具有差异的miRNA。(2)血浆外泌体miR-146a-5p在结直肠癌原发与肝转移患者表达存在差异,在转移患者中表达明显下调,且与血浆miR-146a-5p相比对CRLM有较高的诊断效能,有成为监测结直肠癌患者肝转移标志物的潜力。(3)miR-146a-5p的表达水平对结直肠癌细胞迁移、增殖能力有影响,其表达增高抑制了细胞的迁移、侵袭和增殖,并诱导其早期凋亡。
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