自主创新立法及行政措施对我国自主创新能力的提高有着战略性的作用。实践也表明自主创新立法及行政措施推动了我国自主创新能力的发展。自主创新立法及行政措施应当继续执行，并且不断发展和改进，发挥着其应有的作用。但是外国企业和政府对我国自主创新政策横加指责，想要我们停止自主创新立法及行政措施的执行。他们不止对我国政府施加压力，并且还准备利用WTO争端解决制度迫使我国停止执行自主创新立法及行政措施。研究我国自主创新立法及行政措施与WTO规则体系关系的意义在于应对美国和欧盟可能提起的针对自主创新立法及行政措施的WTO诉讼，并在以后的诉讼中取胜。虽然目前美国和欧盟还没有提起诉讼，我们应该做好应对的准备。中国现在还不是《政府采购协定》的签字方，不承担在政府采购领域内给予外国货物和服务市场准入和非歧视待遇的义务。但是作为世界贸易组织的成员，中国自主创新立法及行政措施仍然要符合《中国加入世贸组织议定书》和《中国加入工作组报告书》以及其他WTO协议，如1994《关贸总协定》（GATT1994）、《补贴与反补贴措施协议》（SCM）、《与贸易有关的知识产权协议》（TIRPS）等。本文针对外国企业和政府对自主创新立法及行政措施的指控，详细地分析了涉及到的WTO规则，论证了自主创新立法及行政措施在WTO体系下的合法性。在第三章中，笔者表述了外国企业和政府对自主创新立法及行政措施的公布缺乏透明性的看法，也发表了笔者认为中国只应承担不存在秘密法规的义务的看法。自主创新立法和行政措施都在官方网站上公布，做到了这一点就没有违规之嫌；而外国企业和政府认为自主创新产品认定工作中专家组组建和评审过程可能出现不公正，违反妥善行政义务，笔者认为妥善义务只涉及法规的“实施”，而不涉及法规的“本身”，外国企业和政府提出的是关于自主创新立法及行政措施本身的问题，此指责也不成立；中国承诺加入GPA,使得外国企业和政府存在合法的期待利益，中国的情况适用非违反之诉，笔者认为在《加入工作组报告书》和《加入议定书》中的关于政府采购的条款中没有表明给予外国供应商国民待遇，并且披露了《政府采购管理暂行办法》这一与国民待遇不符的歧视性措施存在与适用，没有给予外国政府和企业可以合法期待的利益，非违反之诉不适用于中国自主创新立法及行政措施。在第四章中，笔者表述了外国企业和政府对自主创新立法及行政措施使得外国知识产权产品进入中国政府采购市场受到歧视的，迫使外国企业向中国企业转移知识产权，违反了TRIPS国民待遇规定和可取的专利的事项规定的看法，但是根据印尼汽车案专家组报告，笔者认为将TRIPS国民待遇义务解释成防止国内企业获得政府优先采购造成外国企业出口更加困难是不合理的，中国自主创新立法及行政措施没有违反TRIPS协议。在本文的最后，笔者对加入GPA前的自主创新政策在透明性和评审程序方面提出了修改意见。