从某奶牛场分离出隐孢子虫卵囊，用金胺酚-改良抗酸染色及饱和蔗糖漂浮后，通过显微镜检，根据其形态、结构、大小等特性鉴定为鼠隐孢子虫（Cryptosporidium muris）。 根据隐孢子虫18s rDNA序列，借助计算机分析，设计并合成出隐孢子虫属特异性和鼠隐孢子虫种特异性引物。在经优化的反应条件和扩增参数下进行聚合酶链式反应，扩增出540bp的片段。初始PCR产物进一步作NestedPCR，扩增出一条250bp的片段。结果表明，该片段是鼠隐孢子虫所特有，以艾美耳球虫、伊氏锥虫、贾第虫、大肠杆菌等病原的DNA为模板进行扩增反应，均无此片段。 Nested PCR具有高度敏感性，可以检测出1个纯化的隐孢子虫卵囊。当样品中卵囊密度高于10个/g（ml）时，该方法亦能很好的检测出。与常规PCR、饱和蔗糖溶液漂浮法及金胺酚改良抗酸染色法比较，Nested PCR的敏感性是常规PCR的10~3倍以上、是漂浮法和染色法的10~5倍以上。 本文还比较了4种卵囊DNA提取方法，结果表明2％二硫苏糖醇冻融法具有很好的敏感性，而且其操作简便，快速易行。 应用Nested PCR技术，对奶牛粪便、牛奶、污水等119个样品隐孢子虫感染及污染情况进行了检测，检出率分别为23.29％、11.11％和0.00％，均高于常规PCR、漂浮法和染色法的检测结果。 综上所述，新建立的Nested PCR技术是一种具有较高特异性和敏感性的微量隐孢子虫卵囊检测方法，具有较好的应用前景。