本文主要从保护中小股东的利益出发,重点研究在我国采用金字塔股权结构的民营上市公司的关联交易行为。作为新兴的资本市场,我国的法律体系对中小股东利益的保护程度较低,这导致了大量金字塔股权结构的民营上市公司通过“掏空”性的关联交易谋取控制权私利,损害了中小股东的利益。研究表明,金字塔股权结构终极控制人由于其控制权大小的不同而产生“联盟效应”和“盘踞效应”两种截然不同的行为方式。本文在说明金字塔结构基本特征的基础上,研究了金字塔股权结构中因终极控制权与所有权分离所产生的终极控制人和中小股东之间的代理冲突,并以此为主线分析终极控制人其控制能力在不同区间时的控股动机。通过实证分析来研究金字塔股权结构的中国民营上市公司的关联交易与那些因素相关,股权分置改革是否有效降低了终极控制人进行关联交易的概率和规模等。基于以上的思路,本文的研究内容分为四个部分。第一部分为第一章“绪论”,在概述研究背景和意义的基础上,阐明研究问题,提炼研究思路,说明各章的研究内容和方法；第二部分是第二章和第三章,系统研究了金字塔股权结构的基本特征,并在此基础上以终极控制人与小股东之间的代理问题为主线,通过构建理论模型分析终极所有权、终极控制权及两者的分离度对终极控制人控股动机的影响,从理论和经验层面上分析了终极控制人与小股东之间在什么范围出现利益冲突的盘踞效应和利益趋同的联盟效应；第三部分是第四章,实证研究影响关联交易发生概率和规模的因素,选取2006年至2010年在深市上市的320家金字塔结构的民营公司为样本,分析关联交易中存在的“掏空”行为,并比较股权分置改革前后的情况,分析股权分置改革对关联交易发生的概率和规模的改良效应；第四部分是第五章,归纳与提炼研究结论,并就民营上市公司中小股东的利益保障提出建议。