论文部分内容阅读
亚洲黑熊(Selenarctos thibetanus)又称(Ursus thibetanus),其种群数量长期受盗猎和非法贸易的威胁。在打击亚洲黑熊及其产品非法贸易案件中,需要建立个体识别技术为案件侦破和处罚衡量提供科学支持。本文选用10个微卫星位点(UamA107、UamB1、UamD2、UamD11、UamD103、UamD112、UamD113、UamD116、UT4和UT38)组成亚洲黑熊个体识别系统。用两个群体共计96个样品进行群体遗传学检验,其中36个来自俄罗斯远东地区和中国东北地区的野外亚洲黑熊样品组成野外群体；60个来自中国南方、越南、缅甸一带的圈养亚洲黑熊样品组成圈养群体。经过毛细管电泳初步分型,对128个等位基因进行克隆、测序。测序结果显示,UamA107、UamD2、UamD103和UamD113 4个位点的核心序列结构只含有1种类型的重复序列。UamB1、UT4、UT38、UamD11和UamD112则含有2种或2种以上类型的重复序列。位点UamD116因其微卫星核心序列结构过于复杂难以分型而被删除,由剩余9个微卫星组成亚洲黑熊的微卫星个体识别系统。所有等位基因按照国际法医遗传协会(ISFG)建议的命名原则进行标准的命名。影子带、无效等位基因、等位基因大片段丢失等一系列的评估结果显示该9个位点分型容易,群体遗传分析分型准确。对野外群体和圈养群体,我们分别计算了基因频率,基因型频率,观察杂合度(Ho),期望杂合度(He),观察等位基因数(Na),有效等位基因数(Ne),多态信息含量(PIC)等群体遗传学参数和个体识别力(DP),累积个体识别力(CDP)等法医遗传学参数。结果表明9个位点均显示出高度的多态性,在野外群体和圈养群体中的累积个体识别力(CDP)分别达0.9999999993265和0.999999999998405。盲测中个体随机匹配概率为1.164×10-11到3.302×10-9之间。在假设群体中存在亚结构或群体间个体存在亲缘关系的情况下,计算9个位点在野外群体和圈养群体中的匹配概率(P(ID)sib)分别为0.00003和0.00001,符合法医学应用标准PID(0.001-0.0001)。在近交比例设为0、0.5和1.0时,野外群体中平均匹配概率(Plave)分别为3.029×10-10、3.481×10-6和2.552×10-4；圈养群体中平均匹配概率(Plave)分别为1.287×10-12、5.336×10-7和7.856×10-5为了进一步研究本文中选用的9个微卫星位点在法医学应用中的有效性,我们用10ng/μl、5ng/μl、2ng/μl、1ng/μl、0.5ng/μl、0.1ng/μl、0.01ng/μl 7个不同浓度梯度的亚洲黑熊DNA样品进行灵敏性检验,9个位点均显示出高度的灵敏性,能扩增的最低模板浓度均为0.1ng/μl。同时用食肉目、偶蹄目及人共计’13种不同物种的总DNA来进行种属通用性检验。9个位点对近缘物种棕熊(Ursus arctos)和马来熊Helarctos malayanus)都能成功扩增,其他物种中总体显示出良好的种属特异性。以上结果说明,该亚洲黑熊个体识别体系在法医学应用中是有效的。