产业结构理论认为产业结构是衡量一个国家（或地区）经济发展水平的重要尺度。在一定历史条件下，有什么样的区位优势，就会引起什么样的产业结构。通过对产业结构理论的分析，可以得到产业结构演变的一般规律。在开放经济条件下，对外贸易与产业结构存在着互动的影响关系，通过对外贸易的发展可以促进产业结构的优化升级。新疆三次产业的演变基本符合产业结构演变的一般规律，但由于长期以来发展依赖于自然资源的重化工产业，使得新疆第一产业发展滞后，第二产业效益不佳，第三产业发展不足。以1992-2010年的经济数据对新疆产业结构的比较劳动生产率、全要素增长率差异和基于DEA模型的投入产出率进行分析，指出新疆基于其资源优势形成了经济效益不高的重型化的产业结构，而这种单一的资源型产业结构没有得到转型优化是不具有可持续性的。以对外贸易与产业结构影响关系为理论基础，结合新疆是连接我国内地与中亚的重要通道、我国向西开放的“门户”和新亚欧大陆桥中国西出的“桥头堡”，指出新疆具有良好的向西开放的地缘区位优势。从理论出发，通过对外贸易与产业结构的互动关系可以促进产业结构的优化升级，而以格兰杰因果关系和协整关系检验新疆对外贸易对产业结构影响关系的实证分析指出，新疆对外贸易没有促进产业结构的优化升级，却强化了原有的重型化的产业结构，进而对该结论作原因分析，并提出新疆应强化其地缘区位优势，加快建立和发挥与区位优势相适应的开放部门产业，升级贸易商品层次，在贸易政策支持下深化区位优势与产业结构的互动关系，通过发展对外贸易促进产业结构的优化升级。