战略性新兴产业集群创新可以发挥其规模经济效应,促进创新主体间知识的自由流动和科技成果转化效率,增强其核心竞争力。但我国在集群创新方面:模仿多于创新,技术含量低,创新能力不足,要想真正了解集群创新的作用机理,必须深入到集群创新系统内部,分析其内在的运行机制。本文以系统学、经济学、统计学等学科的基础理论为基础,首先研究战略性新兴产业集群创新的机理,包括动因、网络结构、作用机理和演化过程。产业集群创新网络的结构分为创新主体网络、资源要素网络、科技创新网络、创新环境网络。从资源共享与能力互补、集体学习、合作信任形成集群创新网络,并阐述集群创新网络的结网、成长、成熟和更新演化过程。其次研究上海市战略性新兴产业集群创新发展的现状和模式。集群创新发展的现状分为:上海战略性新兴产业的集群分布状况、集群创新成果、各产业发展现状;上海市集群创新的发展模式主要分为四种。然后基于价值网理论构建上海战略性新兴产业集群创新能力指标体系,先阐述战略性新兴产业价值网的结构、动力机制和构建过程;其次从微观博弈的角度介绍价值网的动力机制,价值网外部企业加入价值网是一个动态博弈的过程共分为五个阶段;再基于价值网构建战略性新兴产业集群创新能力评价指标体系。最后研究上海战略性新兴产业集群创新能力。以上海生物制药产业为例,对上海战略性新兴产业集群创新能力进行评估。从浦东张江“药谷”、徐汇枫林生命科学园区、南汇上海国际医学园区、青浦工业园区、奉贤星火开发区五大产业集群区介绍上海生物制药产业集群创新发展现状,根据前文对集群创新和价值网的分析,构建上海生物制药产业集群创新网络框架结构,基于AHP-DEMATEL评估上海生物制药产业集群创新能力,根据研究结果,指出上海战略性新兴产业集群创新发展存在的问题。从整体看,上海战略性新兴产业集群创新能力高于北京和天津;针对产业集群创新和价值网生态系统,提出提高上海战略性新兴产业集群创新能力的政策建议。