本文以提高财政科技投入运行效率为出发点，利用“六位复合”分析模型和“PIMSSS”支柱模型，对财政科技投入战略计划、投入机制、管理机制、监督机制、组织结构和支撑性因素等财政科技投入模式的六个构成要素进行了理论深化、现状分析和国际经验借鉴，并以此为基础，立足于我国财政科技投入的改革路径，考虑到各方利益主体的博弈关系，从公共财政和全球化的视角，提出了适应我国国情的财政科技投入总体目标模式。　　论文共分8章。全文围绕财政科技投入“六位复合”分析模型和“PIMSSS"支柱模型展开论述。下面简要介绍各章主要内容：　　第一章：导论。首先介绍选题的背景及意义，然后构建了“六位复合”理论分析框架，提出了“PIMSSS”支柱模型，最后介绍了本文的研究目标、内容、方法和特点。　　第二章：对科技战略计划进行了系统研究。首先，从技术创新对发展中国家的意义入手，分析了发展中国家的技术成长模式，并立足于“战略前瞻”原则，构建了“1+1计划模型，提出了我国科技战略计划的设计思路;其次，对我国科技战略计划的现状和特征进行了分析，指出了我国现行科技战略计划存在着的问题;最后，通过对世界主要科技强国科技发展战略计划体系、计划内容和计划开放度的比较分析，提出对我国科技发展战略计划的启示。　　第三章：对财政科技投入机制进行了系统研究。首先，分析了不同技术构成观下的市场失灵，并立足于“投入适位”原则，构建了二元投入模型，提出了财政科技投入机制的设计思路;其次，对我国财政科技投入机制的现状和特征进行了分析，指出了我国现行财政科技投入机制存在着的问题;最后，通过对世界主要科技强国科技投入总量、R&D经费来源、R&D经费结构以及各国财政科技重点投资领域与方向的比较分析，提出对我国财政科技投入机制的启示。　　第四章：对我国财政科技投入管理机制进行了系统研究。首先，分析了公共支出管理理念的变迁，并立足于“管理高效”原则，构建了双目标管理模型，提出了我国财政科技投入管理机制的设计思路;其次，对我国财政科技投入管理机制的现状和特征进行了分析，指出了我国现行财政科技投入管理机制存在着的问题;最后，通过对世界主要科技强国财政科技投入预算管理、经费管理和成果管理的比较分析，提出对我国财政科技投入管理机制的启示。　　第五章：对我国财政科技投入监督机制进行了系统研究。首先，以委托代理理论和博弈论为基础，构建了财政科技投入监督体系的博弈监督模型，对财政科技投入监督体系存在的动因及体系中各构成要素间的相互关系进行了探讨，并立足于“监督到位”原则，提出了财政科技投入监督机制的设计思路;其次，对我国财政投入监督机制的现状和特征进行了分析，指出了我国现行财政科技投入监督机制存在着的问题;最后，通过对世界主要科技强国立法机关、审计部门和财政部门对财政科技投入的监督制度以及项目跟踪制度的比较分析，提出对我国财政科技投入监督机制的启示。　　第六章：对我国财政科技投入组织结构进行了系统分析。首先，从理论上对组织结构设计原理进行了阐述，并立足于“组织协调”原则，构建了财政科技投入塔式组织模型，进而提出财政科技投入组织结构的设计思路;其次，对我国财政科技投入组织结构的现状和特征进行了分析，指出了我国现行财政科技投入组织结构存在着的问题;最后，通过对美国、德国、英国、法国、日本和韩国等世界主要科技强国财政科技投入组织结构的比较分析，提出了对我国财政科技投入组织结构的启示。　　第七章：对我国财政科技投入支撑性因素进行了系统分析。首先，立足于“支撑有力”原则，构建了财政科技投入四因素支撑模型;其次，对我国财政科技投入支撑性因素的现状和特征进行了分析，指出了我国现行财政科技投入支撑性因素存在着的问题:最后，通过对世界主要科技强国财政科技投入的法制支持系统、金融支持系统、税收支持系统和科研支持系统的比较分析，提出对我国财政科技投入支撑性因素的启示。　　第八章：构建了财政科技投入目标模式。围绕提高财政科技投入运行效率，构建了我国财政科技投入近期目标模式和远期目标模式。