DEA超效率模型及因子分析法是评价公司经营效率的工具。本文探讨这两种方法在证券价值投资决策中的应用，并以中国上市医药企业为代表展开实证分析，为价值投资决策提供科学依据。运用DEA对中国上市医药企业进行分析发现，超过一半的医药企业是技术无效率的，而且企业之间的效率差距较大。2008-2010年均有效率的企业有恒瑞医药、永生投资、嘉应制药、吉林敖东等9家;连续3年都是无效率的企业有鑫富药业、联环药业、长春高新、康缘药业等24家。运用因子分析法评价对中国上市医药企业进行分析发现，天士力、恒瑞医药、海普瑞、云南白药、千红制药等企业具有较强的综合实力，而通化金马、鑫富药业、沃华医药及ST股等竞争实力最弱。比较因子分析法与DEA的评价结果，两种结果有较大差距，有不少企业的得分及排名差异巨大。综合两种评价方法的分析结果得到，恒瑞医药及双鹭药业2家企业具有很好的投资价值;鑫富药业、羚锐制药、联环药业、普洛股份4家企业不具投资价值。 DEA法对异常值非常敏感，无法对ST股进行评价，得分较高的永生投资、嘉应制药、沃华医药等在实际中运营较差，盈利能力弱。因子分析法比DEA评价更全面综合，而且不受异常值影响，结果相对更加合理。所以基于这两种方法做投资决策时，参考因子分析法评价结果的权重可以大一些。