近年来，随着我国高等教育事业的改革与发展，高等学校办学活力有所增强，学校财务管理也面临着更加复杂的局面。受管理机制和体制方面因素的制约，我国高校经费严重不足和高校资源使用效益低下，成为影响我国高等教育发展的严重问题。因此，研究如何科学评价高校财务绩效、合理配置和有效利用资源，提高高校资金使用效率，对实施科教兴国战略和提高办学效益具有深远意义。 本文在分析国内外高校财务绩效评价理论研究成果的基础上，阐述了高校财务绩效评价的指导思想、评价指标的内涵和建立高校财务绩效评价指标体系的原则。探索建立了一个统一的、相对可比的高校财务绩效评价指标体系，运用建立的指标体系和层次分析法对教育部直属的部分高校进行了财务绩效的实证分析，分析了这些高校财务绩效各项指标的执行情况，并进行排序比较和评价，验证了该高校财务绩效评价体系的有效性。 针对教育部直属的A高校进行了财务绩效评价的案例分析。通过对该高校财务绩效评价指标与其他院校的指标横向对比，发现该高校财务绩效管理的弱点。通过对该高校财务绩效评价指标的三年数据的动态分析，揭示了该校财务绩效的动态变化。并结合该高校的实际情况针对财务绩效评价中发现的问题提出了相应的对策建议和改进措施。