论文部分内容阅读
脂肪性状是影响畜禽肉质的重要因素。脂肪甘油三酯水解酶(Adipose triglyceride lipase,ATGL)是脂肪动员过程中脂肪水解的限速酶,而脂肪酸转运蛋白1(Fatty acid transport protein 1,FATP1)具有促进脂肪细胞吸收利用长链和极长链脂肪酸的功能,在脂肪沉积过程中发挥着重要的作用。本研究以ATGL基因和FATP1基因为候选基因,在金华猪、岔路黑猪、皮特兰、杜洛克和大约克五个纯种猪群以及金皮F2代(金华×皮特兰)资源群体中对猪ATGL基因和FATP1基因5’调控区进行单核苷酸多态性(SNP)扫描并分析其与金皮F2代猪胴体和肉质性状的关系,主要结果如下:在ATGL基因的5’调控区发现存在A-253C→T以及A-845G→C和A-854T→C的连锁突变。生物信息学分析结果显示该序列可能存在启动子区域,并且A-845G→C突变导致部分潜在转录因子结合位点的产生或消失,提示这些SNP座位可能会影响ATGL基因的转录和表达。利用错配PCR-RFLP方法检测A-253C→T座位在不同猪种中的分布情况,结果发现A-253C→T座位在金华猪、岔路黑猪、皮特兰、杜洛克和金皮F2代猪中均存在多态性,且等位基因C的频率较高,为优势等位基因;但在大约克猪群中只有CC一种基因型。最小二乘分析显示,该座位CC基因型个体的胸腰结合处背膘厚和腰荐结合处背膘厚显著高于TT基因型个体,分别增加了11.41％和14.68%;而CC基因型个体的后腿脂肪重也显著高于CT和TT基因型个体。利用PCR-RFLP的方法对A-845G→C座位进行检测,结果发现,该座位在金华猪、岔路黑猪、杜洛克、大约克夏和金皮F2代猪群中均存在多态性,其中地方猪种中C等位基因的频率明显低于国外猪种,并且在金华猪群中没有检测到CC基因型,而在皮特兰猪群中只有GC一种基因型。相关分析显示,该座位GG基因型个体与GC基因型个体的肩部背膘厚、6-7肋背膘厚、平均背膘厚差异显著,分别增加了7.25%、9.06%、7.67%;在胸腰结合处背膘厚上,GG基因型个体比CC基因型个体增加了12.63%;在后腿脂肪重上,GG基因型个体比CC和GC基因型个体分别增加了11.27%和6.31%;而在眼肌面积上,GC基因型个体比GG基因型个体增加了10.29%。在FATP1基因的5’调控区发现主要存在F-586T→C、F-1026G→A和F-1240C→A三个突变座位。生物信息学分析结果显示,目的序列含有启动子、CpG岛、TATA box等调控基因转录和翻译的区域,并且F-1026G→A和F-1240C→A突变都会引起该序列转录因子结合位点的变化。利用PCR-RFLP的方法对F-586T→C座位进行检测,结果发现该座位只在皮特兰、杜洛克和金皮F2代猪群中存在多态性,且表现为较高频率的T等位基因;而在金华猪、岔路黑猪和大约克夏猪群中只有TT一种基因型。相关分析显示,该座位TT基因型个体的肩背膘厚、6-7肋背膘厚、胸腰结合处背膘厚、平均背膘厚和板油重显著高于CC基因型个体,分别增加了10.73%、11.92%、13.06%、9.43%和24.31%。利用PCR-RFLP的方法对F-1026G→A座位进行检测,结果发现该座位在金华猪、岔路黑猪、杜洛克、大约克夏和金皮F2代猪群中均存在多态性,但在杜洛克和大约克夏猪群中不存在AA基因型;而在皮特兰猪群中只有AG一种基因型。相关分析显示,该座位对猪6-7肋背膘厚的影响达到极显著水平(P=0.0075),GG基因型个体的6-7肋背膘厚比AA和AG基因型个体分别增加了13.86%和13.78%。利用四引物ARMS-PCR的方法检测F-1240C→A座位在不同猪种中的分布,结果发现该座位只在金华猪和金皮F2代猪群中存在多态性,并表现为较高频率的C等位基因;而在其它猪群中只有CC一种基因型,说明该SNP座位是金华猪所特有的。相关分析结果显示,该座位对猪肌内脂肪含量的影响达到了极显著水平(P=0.005),其中AA和AC基因型个体的肌内脂肪含量比CC基因型个体分别增加了42.81%和28.76%,而AA和AC基因型个体之间的差异不显著。以上研究结果表明,猪ATGL基因和FATP1基因5’调控区的多态座位对脂肪性状具有一定的影响,提示这两个基因可能是猪脂肪性状合适的候选基因。