目的：通过对红鲫近交系C1HD和普通红鲫的随机扩增多态性DNA（RAPD）和微卫星DNA的分析，得到红鲫近交系C1HD的遗传多样性信息和特异性的分子标记，以完善红鲫近交系C1HD遗传背景资料。 方法：采用RAPD随机引物和微卫星引物对8尾红鲫近交系C1HD和8尾普通红鲫红细胞核基因组DNA进行PCR扩增，对PCR结果进行电泳分离后，分别对其进行遗传多样性分析。 结果：运用RAPD技术从80条随机引物中筛选的20条引物在两个群体中分别扩增出144、162条带，扩增片段的大小在0.2 -3kb之间。其中多态性带分别为31、62条，所占比例分别为21.5％和38.3％。并且从这些引物的扩增产物中发现了一个特异性的谱带（S333），可以作为普通红鲫与红鲫近交系C1HD之间的分子遗传标记。过UPGMA法构建的聚类系统树显示人工雌核发育红鲫的8个个体和普通红鲫的8个个体分别聚成不同的分支。在对两个群体进行微卫星检测后，得到红鲫近交系C1HD和普通红鲫的平均等位基因数分别为1.444和2.111、平均观测杂合度分别为0.181和0.472、平均期望杂合度分别为0.154和0.365。 结论：红鲫近交系C1HD群体内遗传相似度较高，个体间遗传距离较小，基因纯化程度较高。RAPD引物S333的扩增产物中出现了一条特异性的DNA片断，大小约为2 100bp ，可以作为区分红鲫近交系C1HD与普通红鲫的分子遗传标记。